Skip to main content

Table 3 Comparison of nucleotide distribution for sites in the vicinity of E1 and E0 sites in helices.

From: Large-scale analysis of structural, sequence and thermodynamic characteristics of A-to-I RNA editing sites in human Alu repeats

Neighbor

χ2

-30

160.26

0.2762

0.2359

0.2812

0.2067

0.2378

0.2511

0.3092

0.2019

-29

194.86

0.2602

0.3016

0.2323

0.2059

0.2252

0.3003

0.2737

0.2009

-28

149.27

0.1804

0.2532

0.2360

0.3304

0.1831

0.2848

0.2414

0.2907

-27

51.33

0.1941

0.2644

0.2579

0.2836

0.2148

0.2563

0.2603

0.2686

-26

127.84

0.2433

0.2696

0.3097

0.1775

0.2475

0.2602

0.2831

0.2093

-25

146.16

0.2481

0.3034

0.2765

0.1720

0.2677

0.2643

0.2989

0.1691

-24

559.56

0.2381

0.2516

0.2442

0.2661

0.2908

0.2206

0.2798

0.2088

-23

116.79

0.2108

0.2729

0.3005

0.2158

0.2385

0.2510

0.2818

0.2288

-22

274.04

0.2386

0.2671

0.3280

0.1663

0.2588

0.2788

0.2719

0.1905

-21

361.42

0.1842

0.2367

0.3055

0.2736

0.2084

0.2608

0.2425

0.2884

-20

488.07

0.1840

0.2995

0.2788

0.2376

0.2232

0.2733

0.2232

0.2803

-19

447.66

0.2161

0.3301

0.2585

0.1954

0.2474

0.2614

0.2984

0.1928

-18

41.33

0.2064

0.2542

0.2599

0.2795

0.2186

0.2478

0.2716

0.2620

-17

133.29

0.1968

0.3006

0.2446

0.2580

0.2301

0.2720

0.2476

0.2503

-16

487.44

0.1912

0.2881

0.3059

0.2148

0.2526

0.2696

0.2497

0.2281

-15

54.11

0.1885

0.2952

0.2438

0.2725

0.2058

0.2809

0.2307

0.2826

-14

272.67

0.2501

0.2100

0.2827

0.2572

0.2447

0.2641

0.2500

0.2412

-13

147.24

0.2836

0.2594

0.2857

0.1713

0.2783

0.2888

0.2499

0.1830

-12

520.86

0.2269

0.2540

0.2710

0.2482

0.2255

0.3163

0.2074

0.2508

-11

451.16

0.1812

0.2835

0.2583

0.2770

0.2520

0.2614

0.2426

0.2440

-10

42.99

0.2679

0.2891

0.1903

0.2526

0.2681

0.2685

0.2033

0.2601

-9

114.34

0.2574

0.2715

0.2630

0.2081

0.2693

0.2449

0.2512

0.2345

-8

422.79

0.2130

0.2643

0.2539

0.2687

0.2685

0.2106

0.2619

0.2590

-7

1058.19

0.1511

0.3001

0.2043

0.3445

0.2331

0.2328

0.2429

0.2911

-6

174.05

0.2393

0.2353

0.3030

0.2224

0.2713

0.2333

0.2623

0.2332

-5

471.67

0.2435

0.2610

0.3035

0.1919

0.2890

0.2057

0.2803

0.2249

-4

262.05

0.2098

0.2465

0.2582

0.2856

0.2513

0.2657

0.2285

0.2544

-3

66.91

0.2704

0.2366

0.2404

0.2526

0.2841

0.2230

0.2582

0.2347

-2

1440.18

0.1643

0.2998

0.2271

0.3089

0.2895

0.2510

0.2245

0.2350

-1

5907.22

0.2886

0.3223

0.0918

0.2973

0.2576

0.3229

0.2921

0.1274

1

815.29

0.1975

0.2231

0.4573

0.1221

0.2637

0.2059

0.3682

0.1622

2

514.01

0.2274

0.3116

0.2008

0.2601

0.2918

0.2480

0.2102

0.2500

3

581.33

0.2055

0.3484

0.1837

0.2623

0.2872

0.2998

0.1810

0.2320

4

790.83

0.2177

0.2703

0.2854

0.2266

0.2691

0.2637

0.2032

0.2640

5

432.69

0.2395

0.2605

0.2970

0.2029

0.3035

0.2132

0.3007

0.1826

6

270.68

0.2612

0.1544

0.3715

0.2129

0.2879

0.1804

0.3148

0.2169

7

404.67

0.2103

0.3120

0.2573

0.2203

0.2508

0.2480

0.2791

0.2222

8

375.77

0.2373

0.2568

0.3026

0.2034

0.2902

0.2094

0.2820

0.2184

9

91.53

0.2882

0.2383

0.2245

0.2490

0.2887

0.2560

0.2354

0.2199

10

211.51

0.2553

0.2543

0.2786

0.2118

0.2897

0.2268

0.2496

0.2338

11

697.41

0.1906

0.3458

0.1663

0.2973

0.2691

0.3119

0.1806

0.2384

12

380.76

0.2003

0.2729

0.1865

0.3403

0.2549

0.2725

0.1893

0.2834

13

289.45

0.2619

0.2568

0.2916

0.1897

0.3117

0.2589

0.2434

0.1860

14

855.86

0.2283

0.2950

0.3352

0.1415

0.2767

0.2746

0.2526

0.1961

15

377.73

0.1799

0.2594

0.3243

0.2364

0.2367

0.2333

0.2833

0.2467

16

402.31

0.2394

0.2383

0.3174

0.2049

0.2802

0.2125

0.2660

0.2413

17

155.61

0.2600

0.2783

0.2547

0.2069

0.2540

0.2456

0.2593

0.2412

18

1056.40

0.1928

0.2101

0.3949

0.2022

0.2533

0.2331

0.2827

0.2308

19

951.47

0.2007

0.2938

0.3211

0.1843

0.2826

0.2260

0.2729

0.2184

20

243.36

0.2246

0.3339

0.2596

0.1820

0.2643

0.2864

0.2542

0.1952

21

571.53

0.1781

0.2857

0.2551

0.2811

0.2571

0.2505

0.2461

0.2463

22

725.43

0.2652

0.2713

0.3065

0.1570

0.2978

0.2464

0.2368

0.2190

23

28.63

0.2621

0.2540

0.3017

0.1822

0.2754

0.2568

0.2844

0.1833

24

499.38

0.2649

0.2733

0.2983

0.1636

0.3206

0.2269

0.2580

0.1946

25

141.56

0.2707

0.2457

0.2939

0.1897

0.3110

0.2284

0.2702

0.1905

26

543.54

0.3520

0.2268

0.2674

0.1538

0.2898

0.2239

0.2670

0.2193

27

220.85

0.2635

0.2715

0.2789

0.1861

0.2514

0.2782

0.2433

0.2271

28

568.72

0.1849

0.2029

0.2959

0.3163

0.2206

0.2465

0.2269

0.3060

29

199.02

0.2230

0.2470

0.2528

0.2772

0.2646

0.2192

0.2322

0.2841

30

97.03

0.2585

0.2078

0.3096

0.2242

0.2872

0.2094

0.2806

0.2229

  1. The neighbor index gives the location of the nucleotide relative to the edited (or unedited) A, where negative values correspond to upstream nucleotides. The total number of E1 sites here was 17,187, and about 378,000 E0 sites (not all E0 sites have all neighbors defined).