Skip to main content

Table 4 Comparison of nucleotide distribution for sites in the vicinity of E1 and E0 sites in interior loops.

From: Large-scale analysis of structural, sequence and thermodynamic characteristics of A-to-I RNA editing sites in human Alu repeats

Neighbor

χ2

-30

97.88

0.2944

0.1880

0.2920

0.2255

0.2695

0.2264

0.2696

0.2345

-29

77.15

0.2535

0.2249

0.2540

0.2675

0.2320

0.2637

0.2525

0.2519

-28

91.61

0.1960

0.2207

0.2417

0.3417

0.2068

0.2516

0.2425

0.2992

-27

2.75

0.2247

0.2613

0.2596

0.2545

0.2246

0.2568

0.2670

0.2516

-26

4.52

0.2350

0.2720

0.2500

0.2430

0.2417

0.2750

0.2418

0.2415

-25

134.59

0.2420

0.2486

0.2239

0.2856

0.2580

0.2475

0.2576

0.2370

-24

133.46

0.2085

0.2218

0.3272

0.2425

0.2463

0.2384

0.2799

0.2353

-23

7.30

0.2390

0.2635

0.2617

0.2358

0.2432

0.2569

0.2544

0.2454

-22

52.35

0.2372

0.2504

0.2937

0.2187

0.2609

0.2629

0.2663

0.2099

-21

60.90

0.2339

0.2456

0.2587

0.2619

0.2468

0.2699

0.2291

0.2542

-20

59.59

0.2253

0.2372

0.2805

0.2570

0.2464

0.2351

0.2479

0.2706

-19

24.77

0.2506

0.2594

0.2494

0.2406

0.2527

0.2386

0.2653

0.2434

-18

58.31

0.2043

0.2669

0.2704

0.2584

0.2373

0.2470

0.2614

0.2543

-17

29.16

0.2112

0.2410

0.2724

0.2755

0.2197

0.2603

0.2561

0.2639

-16

135.38

0.2403

0.2471

0.3236

0.1890

0.2603

0.2502

0.2714

0.2180

-15

105.98

0.1849

0.2427

0.2664

0.3059

0.2228

0.2514

0.2560

0.2699

-14

54.33

0.2606

0.2152

0.3019

0.2222

0.2496

0.2447

0.2785

0.2272

-13

205.78

0.2890

0.1877

0.3317

0.1916

0.2795

0.2400

0.2769

0.2037

-12

228.23

0.1868

0.2349

0.2764

0.3019

0.2270

0.2715

0.2537

0.2478

-11

236.29

0.1555

0.2882

0.3067

0.2496

0.2183

0.2645

0.2662

0.2510

-10

89.14

0.2060

0.2653

0.2695

0.2593

0.2489

0.2497

0.2589

0.2425

-9

292.42

0.1939

0.3076

0.2877

0.2108

0.2594

0.2536

0.2579

0.2291

-8

30.94

0.2677

0.1964

0.3064

0.2295

0.2821

0.2113

0.2911

0.2155

-7

215.28

0.1802

0.2530

0.3269

0.2398

0.2382

0.2373

0.2774

0.2471

-6

101.36

0.2271

0.2597

0.3138

0.1995

0.2670

0.2347

0.2882

0.2100

-5

42.95

0.2734

0.2597

0.3004

0.1665

0.2709

0.2515

0.2845

0.1931

-4

233.23

0.2580

0.1873

0.2482

0.3066

0.2522

0.2413

0.2586

0.2480

-3

348.65

0.1739

0.3051

0.3311

0.1899

0.2357

0.2597

0.2793

0.2253

-2

801.12

0.1319

0.3376

0.2576

0.2729

0.2476

0.2556

0.2679

0.2289

-1

2126.16

0.2342

0.4720

0.0434

0.2504

0.2537

0.4022

0.2072

0.1368

1

1058.77

0.1864

0.2267

0.4276

0.1594

0.2681

0.2577

0.2739

0.2003

2

286.10

0.1901

0.3040

0.3206

0.1854

0.2432

0.2816

0.2590

0.2162

3

18.12

0.2495

0.2689

0.2165

0.2652

0.2667

0.2721

0.2063

0.2549

4

305.15

0.1705

0.2783

0.2719

0.2793

0.2413

0.2835

0.2240

0.2512

5

59.46

0.2358

0.2597

0.2849

0.2195

0.2703

0.2530

0.2620

0.2148

6

204.46

0.2500

0.2992

0.2671

0.1836

0.2644

0.2359

0.2846

0.2151

7

131.41

0.1930

0.3275

0.2314

0.2482

0.2255

0.2768

0.2469

0.2509

8

94.86

0.2310

0.2490

0.2996

0.2205

0.2724

0.2398

0.2667

0.2211

9

58.62

0.2569

0.2803

0.2656

0.1972

0.2750

0.2583

0.2473

0.2193

10

345.51

0.2084

0.3295

0.2893

0.1728

0.2616

0.2731

0.2471

0.2182

11

154.89

0.2131

0.2905

0.2166

0.2799

0.2549

0.3114

0.1850

0.2487

12

316.51

0.1599

0.3021

0.2146

0.3233

0.2358

0.2858

0.2061

0.2722

13

46.17

0.2451

0.2712

0.2496

0.2341

0.2759

0.2653

0.2314

0.2274

14

236.16

0.2052

0.2642

0.3278

0.2028

0.2637

0.2641

0.2672

0.2050

15

70.60

0.1946

0.2947

0.2711

0.2395

0.2284

0.2697

0.2589

0.2430

16

20.48

0.2917

0.2489

0.2549

0.2045

0.2835

0.2402

0.2521

0.2242

17

247.21

0.2104

0.2879

0.2879

0.2138

0.2648

0.2442

0.2498

0.2412

18

129.05

0.2228

0.2623

0.3005

0.2144

0.2697

0.2405

0.2672

0.2225

19

65.19

0.2967

0.2902

0.2103

0.2029

0.2839

0.2624

0.2254

0.2283

20

34.26

0.2335

0.2668

0.2505

0.2491

0.2532

0.2653

0.2278

0.2537

21

231.49

0.1794

0.2896

0.2905

0.2406

0.2380

0.2601

0.2474

0.2545

22

60.61

0.2726

0.2676

0.2488

0.2110

0.2783

0.2413

0.2402

0.2402

23

65.14

0.2495

0.3083

0.2519

0.1903

0.2684

0.2726

0.2515

0.2074

24

37.99

0.3123

0.2029

0.2840

0.2008

0.3094

0.2200

0.2591

0.2115

25

110.08

0.2531

0.2422

0.3048

0.1999

0.2977

0.2215

0.2736

0.2072

26

215.24

0.2745

0.2894

0.2753

0.1608

0.2691

0.2531

0.2552

0.2226

27

17.11

0.2703

0.2640

0.2459

0.2198

0.2760

0.2536

0.2357

0.2347

28

51.46

0.2334

0.2456

0.2681

0.2528

0.2520

0.2525

0.2367

0.2588

29

89.77

0.2545

0.2778

0.2366

0.2311

0.2690

0.2449

0.2223

0.2637

30

152.90

0.2346

0.2363

0.3191

0.2100

0.2785

0.2206

0.2728

0.2281

  1. The neighbor index gives the location of the nucleotide relative to the edited (or unedited) A, where negative values correspond to upstream nucleotides. The total number of E1 sites here was 9,711, and about 97,000 E0 sites (not all E0 sites have all neighbors defined).