Table 5 Sequences of box H/ACA snoRNA genes in E. histolytica
From: Computational prediction and validation of C/D, H/ACA and Eh_U3 snoRNAs of Entamoeba histolytica
ACA-Eh-SSU1315 | TGCAAGTCTCCAC AGATTGACATAAAGAATGTCTTATCTACTAAGA CTTTGCAAGATTA AAACAAGTTTTAAACTCACGAGTAATATTGAATATTCGTGTTAATAGGGCTTGGAAATA ATC |
ACA-Eh-SSU631 | ATAAAGTGGAAAATTCTA TGGATGCAAATTTTTTTGCATCTTTTTTCTTT TTTGTAAATTA TTTAGATGCATTTT TTCTTTGCTAATTTTCGTACCCATAAGAAGAAAGAATAACAGAAATTTAA TGTATTATA TTT |
ACA-Eh-SSU1727 | CTGTGTTTAAAGT CCAAAGATCTTCAGTTATTCGAATTGCTTCTTTGGATAAT GAAAGACAGTAAAATGA GATTGATGTGAACTGTGGGACAACATTCTTGATGTCACTTTCACAATTCACACCAGTTGACA GTC |
ACA-Eh-SSU626 | TCCACTTCACAAAAATGACACTCATACAGAAGAGTGTGTTTTGGTATTTGACGTAGTGGAAGATTA TTTGCTTAGTAATTC TATTGATATGACTATTTCTATCAATCCTACGA ACTATGCAACA TCA |
ACA-Eh-SSU461 | TGACTGAGTATGTATTTTGTTCATTTTGTCATCAGCTTGGATATTATTTGTTTATCATTCGATTTAAATAA AATAATAAGGTGTTGT GTTATAATTATAGTTAAGATGGATATAATTCATGACTATC ACCTTATTTACA CCT |
ACA-Eh-SSU1675 | TGCAGTTATCCCCTCGTTTTAATTAGTATTAAAACGAACCATTATTATACTGCAAAATTA ATTTGCTTTATTTTT AAGGTTTATTTTACTATATTATTTACCTTCTATTTTAA AGCAATAAACA ATT |
ACA-Eh-SSU526 | GCATAGTTCGTAG GATTGATAGAAATAGTCATATCAATAGAATT ACTAAGCAAATAA TCTTCCACTACGTCAAATACCAAAACACACTCTTCTGTATGAGTGTCATTTTTGTGAAGTGGAATA AAT |
ACA-Eh-LSU3008 | GGATTTATCGAAG CATTAATATACTGAAGATAGTGATTAATGTCAAA TATAATCCAATAACA GTGGGTAAGAACTTATGATAAAAGTTTTATTTCTTTGAATAAAATTTTATTGTATTACTCTACA TTT |
ACA-Eh-LSU1172a | TTATTTGTGAAGTGATTATT AATCAGTTTATATAATTGATTTTAGT CATATTTAATAAATAACA TTTTTGTATGTTTCACATATTTATAATTCATTCATTTTAATTCATAAGTTAATTTATAAATACATACAAAATACA TTT |
ACA-Eh-LSU1172b | TATATTATATAATGTCATTGGACTTACTTTTAAATTATCAGAGTGGCACAAAGATTTTATATTTATGACATTA GTCAACAAAGATATTGACTTATT TCGTAATTCTATTATTTATGGAATTGTGATTAGT ATCTAACA ACA |
ACA-Eh-LSU1107b | AAATAATTTTTTATTAAT ATTGTTTTTATTTAAAAATACATAAAATGTATTTTTAAATTAGAGGAAATA GAAAATATTTAAAAATAA ATGAATAAATTTATC GATAATTTAACATAACAGTTTGTTTTGTTTATTGGTTTGA AATTCAAACA TCA |
ACA-Eh-LSU1650 | TACACAATCCAAA GGATGTACAATTTTTTATTTTATGTCCATGTT AATTGTGTGAGAGAA TTCTTGAAATATTGTTTAATTCTTATTGAATTGAAATATTATTTTTCAAGGTACA AAA |
ACA-Eh-LSU3087 | GGTGCTCCAGCT AGGCTAAACTCTTTTAGTTGTAGACCTCGTT TAAGATCACCTAGAGTA AAAGATATTATGAAAAAAAAAAGAAGACATTATTCAATTAATAATGTTTTAAATTCATAATAAATA AAT |
ACA-EH-LSU2791 | AAGTTAGAGTGGAAT GTTTGTTAAACAAAAAGTAGTTTAAAACTACTTAAAATAGTCAA TTTTTAATTTAAATTA ATTGTAGGAGTTGTTGGTTATGTGTTTGAGTAAGTTTAAATTGTTAATTTACTAAAACATGACGAAATCATTTTTTCATAACA AAA |
ACA-Eh-LSU3155 | GTAGTTCAATTGAAATGATGATAATATTCTCTGTATTCTAATCATTTTATAAATGAAGTGCAGACAATA ATGTTCCAAAGATATCTGATCTA TTGAAATAATGAATTGAATATTTTAATTTGAATTTTAATACTTT TCATATTTTAATA AGA |
ACA-Eh-LSU3221 | TCTTTGTTTGATT CTATTTTACTTCAAATGAGGAAGTGTAATTCATTGAAGTATTGGTATAGAATAA CCATTAAAAGAAGATAA ATAATTTTAATCAGACTGTACATTGTTTGAAATAAGGAACATGTGTATTTAATTGGAATATAACA ACA |
ACA-Eh-LSU1159a | AAATAAAAACAACAA TAATGTTTATATAACATTCAATAAAATATTTTGTTG TTTTTCATTTAAATAAAA TATGTTGTGAAGAATATTTCAAAAAAAGTAGAATTATAGTTGTTTATTTCAAATGAATATGAAATGTTTTTAATAATAAATA ACT |
ACA-Eh-LSU2700 | TGAGACAGTTTGAAGAATGGACAAATAGAAAGGTAGGAGGTGTATTATTTGATTCGTCTGTCTCTGACTGGAATCAGAGAACA TCTGTTTGTGACA AAATGTTAATTGGGAAAGAGCATATTTTGTTTGTTATAGAAGACA CAA |
ACA-Eh-LSU1080 | GCTTTCCTT ACAACGGCAAAGACATTTTATTCTTTGTGCAGTGGGAATA GAAAGCTATATTA ATATTGGTGCTTTACCCTTGAAAATTTCTTTTAATTTTTAAGTCAAAAACATCATATA ATT |
ACA-Eh-LSU1343 | AGATGGTCAA AGTTAGTGTTGCACATATGATGATTTTATAAGCAGTCATATGAAGCCGAATGAAT TTATCTAATACATAGA CTATTATGTATCGCAGCTTAACATCAAAGGTGGAGTTGTGTTATTGATAGATA TAA |
ACA-Eh-LSU2997b | GGAGTGATAAAGC GGATTGGTAATAGAATAGTGTTAACAATCTCGTC AGAATCTCCTAGATTGA TTATTATGTTGTATTTTCCCATGAAAAATGAATTCATTTTATCATTTAAAAAATACAATATA TTT |
ACA-Eh-LSU339 | TGCTACATGTGTTTTTC CATCTTTTTTTGAAGAGACAAAGGATGATTTA GTATGTAGTAATACTA GTGACAAAGAAAATATAATAAGAGAAATGATTAGGTTATATCCTTTAATATTTAATGTTTGTTGTTCTTTTTCAATTACA AAA |
ACA-Eh-LSU1123 | TGATTGATAGT TTGATTTGGTTTATTCTGAAAATAAAATGTAGAATTATTTATCTT GTCAAACATTGA TAATCAACCGTGCTTATTCATTGTTTCATATTGATATTCTTAATTTCACATTATCAACGAATGAAACGTGTTGTACA AAC |
ACA-Eh-LSU1005 | TTTTGAGAATTGAAAATATTTATTAAATATTTATTTTATTCAATAGTAAAGGTTTTTAATTTTCAAAACAAGAAAA TAATGTTTGTGATAAAACAAAGT CATTTTTCATCCATAAAATGAAAAAGGAGTTTGC TACAAAAAAATA GTC |
ACA-Eh-LSU1236a | TATGGTGTTAGTGTTTGATAGAAAATTTCTTATTCAATACTTCAAGAATATTATTGGACATTTATTATAATAGAA GAACGTGTATT TGTAAAGATAATAGTATTTTTACTTGTTCTGATGCAAGTAT ATGTGTTAATA TAG |
ACA-Eh-LSU1236b | TATGGTGTTAGTGTTTGATAGAAAATTTCTTATTCAATACTTCAAGAATATTATTGGACATTTATTATAATAGAA GAATGTGTATT TGTAAAGATAATAGTATTTTTACTTGTTCTGATGCAAGTAT ATGTGTTAATA TAG |
ACA-Eh-LSU1107a | GCAAAATATAATAAATGGAAAATTCTA TGGATGCAAATTATTTTGCATCTTTTTTCTTT TTTTGCAAATTA TTTAGATGCATTTTTTCTTTGCTAAT TTTCGTACCCAGTGTGATATGTCAATGAAAATGGAGAATGC AAAAGAATGAATA ATT |
ACA-Eh-LSU2288 | AGCATATACCTTT CTCACTATATTATTGTAGCGAGACATTCAGAG ATGCTAAGAATA AATGAATATTCATTTAACTTCTCTT TTATTACTTTAATGGTTTGAAAGAA TAATGAATATTCGATA TCT |
ACA-Eh-LSU1159b | TTATGTGAAATTCGATAA AATATTTTATTTTTTAAAAAATATTTTGTTG TTTTTCATTTAAATAAAA TAATATGAT GAAAATTTTAAAAGTGAAGAAATGAAGTTATTTATTTCAAATGAATATGAAAGGTTTTTTAATAAT ATTAAATA AAT |
ACA-Eh-LSU2997a | TGTTCCTGAAAGC GCAGAGACGCACTAGCGTTGTCTGTCGTCGC ATTGGGAACAACAGAGA AGGATGATTCCATAGTGGGTGAGATGGCAATGATGCTGTTTCAATGTGGGATTGTACA GTT |
ACA-Eh-5.8S80a | TATAATGTAAATACT GATATGGGGTTTATGAAAACTATAAACAATATCATTTTATT CATTGTGTAAAGTA ATAAAACACTTTTAATAATAGTACTAAAGTGAAGGGTATTATTTTAGAATATTATGAAAACTGTATA AAA |
ACA-Eh-5.8S80b | ATTTTTATTGATGCAAAATATT TAGCAACATTTTTATTGATGCAAAATATTTT GAAATAAAAATAAATCA TCATTTGATATTATTAATATATTTGATAATAAATTATATTATATATTAAATACATCATA TTT |
ACA-Eh-SSU740 | ACCTCCAAGACATTTCATACTTAAATTAAAACTTAAAGGAAGTTATGATTCTGATGAAGGTAAATTTGGAGGTAAAGAA CAAGGAATATTAGAATTT GATTTCTTTATTAAAACAATTCAAAGTAATA TTCCTAGACA TCT |
ACA-Eh-SSU188 | AGAGATGTACT TAGTATGGATAACATGTATAGTGCATGGAATCCTCAATTAC TTATTTCTATAAAA ACTCCTCAAGCTGTTAATGTTGCCAATGCTTGTACTCTTACCATTCATTGGCAATTTGATGTTACA TTG |
ACA-Eh-SSU1216 | GTTATGAAGAGGTTCTATTATCTGTTTATCTATTGAATTATAAGGAACTGGTTCAGGACAGAGAA ATGAATCAGTTGGAGGTGTT TGTTTTTGGAATTCATTAAATGAAAAGAAGAAATTGTCA CAACAGTCTGAAATA AGC |
ACA-Eh-SSU299 | CCATACGTTCTTTATTGGAGGCAGTCCTTATTTTGTAGAAGAAAATAAGATTTTACTTCAATCTCAAAAAACAAATGGAAACGA AGCGGTTTTAATGACAGA AGAAGAGATGAGATCATTTTATGACATTTTTGATTATTTATCTTCTTCTCA ATTACAAACCACA AAA |
ACA-Eh-SSU1212 | TTATCATCATCAAAGAAATTTGTTATTAATGATTGCTTTGGTTGTGATGGCTGCATAGGA ACAGCGACTTGGTGTTGATT AAGATAAGGGTTAAAAGTACTTTGTTGAAATTGAG GTTGTTGAATA TAT |
ACA-Eh-LSU2809 | AGTTACTGTGCAATTTTTTGTGGGTTGAACAGTTTTCCAATTCTGATTAATTGTAAGCATAGAACTAAAACAA TCATCAACAAGAGTCATTTCAGAAT AAACAGTAATAGAGTCACAATCAATTTCTGAATATTTG TTATGTGTTCTTGTACA ATC |
ACA-Eh-LSU2335 | GATTGAATATTTTCA GTTACTTCATGAACATGAGGTTTAGGAGGAATTGTTACT ATTTGGTTTAAAATAA CAGAATTTATACTTTCTGTTATTGGTTCAAAAAATGAATTTGATGGAAAGATAACACA TAA |
ACA-Eh-LSU2493 | GGGCTTTAGAGTT GTGTATTTTTTCTTTTAACCAATTTCTACAAATGGTGTGAGCATGGTT ATAAAGTTCAAATGA AAGTGGAGTAGAGGTGTTGTATTTAATCTTATCAAAATCTACTGCTTTATTTAATA AGT |
ACA-Eh-LSU1176 | GGTGGATATATTGTT AAGAATAGTTTTGGATACCAACATGGTCATTCATTAAAATATTGGCTTCA ACAACATTCTATTAAAGAA GAAATGCAAATATGTCCTAATGTACGTTCGTTTGAACAATGGACTCCATTAGATGAGGATTGTATTAATA AAC |
ACA-Eh-LSU2268 | TACTAAGACAAATTTGTCCATTTGGAAATACATTTGGATGGAAAAATCCTTCTGGTAAATAACA ACGTGGTGGTGATGCTGGGTA TCCAGTAGAAAATTTCATTTCTACTGGATAAT AACCATTTTCCCATA TCG |
ACA-Eh-5.8S84 | GTTTTGAGTTATTTTTGAA GATGATTGTTTATTTTCATTTTCATCTTCAC TTTCAAAGCCAAAATCA TCGAACACAGAGTTTTTATCTTTTTGTGGTTCTACAAGGGTTGTAGTTTGACTTGAAGGAATAACATTATTTTGACTAGACA ATC |
EhACAOrph1 | GCATTGCTTTTTTTGATAAATACTTATTTATTTATCTTCGCCGCAATGCAAGAAAA TATTTCAATTAGCAGTGCTTTCTTTAAAGGAGGAAATCACGATATAATTGAAGACA TTA |
EhACAOrph2 | TTTCAAATAGAATTTCCCGGAGAAATACCACAAAAGGGTGTGAAATGGGTTTTTGAAATAGAATGA ACTGATTTATTAAATCAGATATGTCGCTTTCAAACGATGGACGACGTATGAGGGGAGTGAATGATA GAA |
EhACAOrph3 | TTGTTTTTTGATTAAACCACAATTTTTATAATATGAAAAGATAATTGTGTTTGGACAATTTAAAACGAAAAGAA ATAGCGATTTAGGGTAGTTCATTCTATGTAAATATAAATGAACACTATTTAATCGCAATA TTA |
EhACAOrph4 | GCAAAGGGTTAGTATTTTATTTAGTTATTGAAATTAGATAAAAACACCCTGTGCAAGACAA ACGTGTAGATCCTAATAAAGAGAAGTCTTGTCTATTTCTTTTTATCTGTCTACAAACA AAT |
EhACAOrph5 | TGAGACTCTACGGTTATTAATTTATATGAATTAATAATAACCGAGTTCTCAAACAGAA AATAATCATATAAGGTATATAAAATAATAACAAATAAGATGTTATGATAATTAGATTATATGATAATA ATT |
EhACAOrph6 | GACATGCCATAAACAATGTTTTGTATAACATTTACGACTATCATCATAAATGTTTTATAAAACACTCCGTGTCACAGTA TTAAAGTGACCGTAATGTTAGGGAAGTTTCCCGAAAAGTAGGGACAACAAATCCCTAACGACAAAGGTGTCACACA AGT |
EhACAOrph7 | GTCATCCCTTCAGATCATGGAATTACATTCAACACTAATCTGGGAGATGATGACAAAAATAA TGTCATTGAGGAGCATGATTCATTTGAGTCTGTTGAATATCTTTATGATCGTAATCTCGATGATA ATC |
EhACAOrph8 | CCAAATAACAAAAAGAAGAGCATTAATTAGAAAGAAAAAGAATGACTAAGGTTATTTGGTAAATTA ATAGTGATAAAAGGAAACATAGTTCAAAAGAGGAGTGAGCTATGTGATTGTTTAACACAACA AAG |
EhACAOrph9 | GCAAATGATATTCGTATATCAATTTTCAAGTTAATTGATTTGTTATTGTTTGCGAGAAAA ATTAAAGATAGAAGTTATTTATATCTTTTGGTATAAATAAAAGAGAATCTTTGAACA TTA |
EhACAOrph10 | ATTAGAAGTAAAGTGAGGATAACTTAATAACTCTGTTGTTCTTATTTGTATTGAGTTGGTCAACAGATAA CAATGGACAATTATAATATAAACATTTTATTATATTTGGTGTTTCTAATTTAAATAAAATGTTACATTGTTGAACA ATT |
EhACAOrph11 | TTGGATTTAATTGTACATTATGTCCAGCTTGTTGAGTTAAATCTGGCAGTGGAATAAGTCCAACAGATAA TAAGAGACAATCACACTCAATTTCATATTCTGTTCCTGCAATTGGTGCAAGTGTCTTTGGATCACA TTT |
EhACAOrph12 | GGTTTATCATCTTCAAATCCAATGGCTGATGCTATTTCTTTGATTTGGTTAAAAGACTCAAAATA TTCTTCTTCGACAAATTTTGATTGTTCATCTAATTGATGTTTTAATTCTAAAATTTGTTGAATATA ACC |
EhACAOrph13 | ATTATTTTGGATAATGCTAATGTTGATTTACAGGATGTTATTCGTGATAATGTGAAAATA AAAGTTCATGTTGGTCGTGGTATTGTAGTTGGAGGATTTCAGGGATCGGATGCCGCGGATGTTGAAGCTGCATA TAA |
EhACAOrph14 | ATCATTAGAACATGTAAATGATGATAGTTCTGTGTCAGAAACACCAAACATCCCTTTTACTTTAGCTGATGATAAAACCA ATTCAATAACTAGTGAAATAGCTTTTTGTTGTTTATTATAATAATATTTATCACTAATACCATTGAAACA AAA |
EhACAOrph15 | GTAGTGGAACAATAAAATGACTATTAGGTAGTGATAGATAGTCATTATCATCAATAATTATTTTCTCTATTACTACAGCA CTATTTAATATTTGTAATTCTACAGAAGTTTCATTTTTCTTAAGAGTATAAAGAAAAGGTGGATA ATG |