Table 1 Comparative bovine primers used for identification of the positive ovine BAC clones in the genome region between MHC Class IIa and IIb ^*

S001

VPS52

F: ATCAATCAGACGATTCCCAACG

246

UniSTS:279053

12 H14;12I12;12 J14; 12 K14;120P21

R: ATCAGAAACACAAGCTGCTCCT

S002

ZBTB22

F: TCCTACGACTTACTCCCTCC

250

UniSTS:66823

12I12;12 J14;258 F9; 289 G18

R: GGGTCAGGTGGTTGTAGTCT

S003

KIFC1

F: GAGACTGTCCGAGACCTGCT

1242

UniSTS:BV104878

170 G9;217 M14;289 G18

R: CTGTGACTACGCGACGAGC

S004

Loc100139397

F: GGTCATCATGGAGGCAGTCT

756

Exon 6: NC_007324

19 H17

R: CGTTCTCCTAAGCCATATGC

S005

BAK1

F: CATTGCATGGTGCTAACCGA

293

Exon 6: NC_007324

None

R: CAAGCTCAGCCTTCCAGAAC

S006

IHPK3

F: ATGTATGAGAGCTTGGCACG

1000

UniSTS:267905

212D3

R: TCAGCTTGTACTCTTCCAGGG

S007

LEMD2

F: ACGTCTACCGCAACAAGCTG

227

ENSBTAE00000168818: Exon 1

None

R: GTCTCCGATGTCACCGTAGG

S008

Loc790333

F: GACTGCGAGGTGCCGAAGAA

776

Exon

94 M24;114B22

R: GTGGACGGCTACACCTGCAA

S009

HMGA1

F: CTCATGCTCTCATTCGGACA

625

ENSBTAE00000364012: Exon 6

57 M5

R: CAGAACAGGAGGCAATGAGG

S010

NUDT3

F: TGAAGTGGAGAGCCTCACAA

688

ENSBTAE00000213256: Exon 5

14E10;300 G8

R: CTTCTCAGCAGACGATGGAC

S011

COX5B

F: GTCTCCGTGGTGCGCTCTAT

324

ENSBTAE00000098033: Exon 1,2

130 G21;130 M2;170 K16

R: GGTGTGGCACCAGCTTGTAA

S012

PACSIN1

F: AAGCCAGCAACAGTAGCAGC

683

ENSBTAE00000336066: Exon 10

253I24

R: TCGTTACCTGGAGACCAAGC

S013

C6orf106

F: AGTGAGCGGCTGAGAGAGTT

266

ENSBTAT00000048861: Exon 1

None

R: AACTCGGAGATGAGCACGTC

S014

SNRPC

F: CCAATGATGAGACCTCCTGC

147

ENSBTAT00000034155:Exon 6

119P19;157 K19;223 N7; 227 J17;232 G24

R: CAGAGTCACAGCACCATGAT

S015

TAF11

F: TGGATGTGTGTGAGAAGTGG

561

ENSBTAT00000022463: Exon 5

194 L19;215 J4;232 G24;234C5

R: TCATGGTGGAGTATCACAGG

S016

ANKS1A

F: CGAGGAATGGCCACAAAG

894

UniSTS:BV105378

124P23;320A1

R: ATCGGTCTTGCCAAACAAAG

S017

TCP11

F: ATCAGCGGATCCACTTGTTC

373

ENSBTAT00000022467: Exon 11

24D11

R: CTGGAGCTCACACACGAGGT

S018

DEF6

F: ACCACCAGCAGCTCCTTCAC

496

ENSBTAT00000036152: Exon 11

21 M13;66I6;124 K16; 193E6;206 L10

R: CCTGGCTTGCTTGTTGACTC

S019

PPARD

F: GTTCCATGGTCACCTTCTCC

353

ENSBTAT00000023319: Exon 8

28D20;152A4

R: CCGTGAATCTCGCTTCTCTT

S020

TEAD3

F: CCCATCACAGCTGGATTTTA

145

UniSTS:180986

None

R: AAATGAAGTACTGTGCCCCC

S021

Loc540812

F: TGCACTGCAACTTCCTGAAC

263

Exon

95D10;119O20;158O6

R: GCACTGCAGGCTGACTATGA

S022

SRPK1

F: CAGACACTTACAGGACGTGG

273

ENSBTAT00000022396: Exon 11

269D12;285I5

R: TGAAGACTGGCACATCATGG

S023

SLC26A8

F: ACATCAGCACCGTCAGTCACC

222

UniSTS:476830

26A21;121O15

R: AGGCGATAGAGGACAAACCACAC

S024

MAPK14

F: GAATGGATAACAAAACACTT

196

UniSTS:279403

26A21;121O15

R: AGGCGATAGAGGACAAACCACAC

S025

MAPK13

F: AGAAGCTCAATGACAAGGCG

606

UniSTS:269171

121O15;154 M16

R: TTCCATTCGTCCACTGTGAG

S026

BRPF3

F: GACGCCTGCATCGTATTAGC

575

ENSBTAT00000017711: Exon 1

154 M16;250 L24; 278B11;281D9;300 J5

R: AGCCAGGTTGCAGATGTCAC

S027

PNPLA1

F: TCCTGAACGCTGTCAACCGA

449

ENSBTAT00000055658: Exon 7

78 M7;153 F9;268E18; 319O4;337 K13

R: CAGGTGGCTGTGCAGGTGAT

S028

Loc790226

F: CCATGACTCCGTAGACAAGA

483

Exon

3O16;9 G2;9 G3;9 H8; 10 N2;15B13;26D1

R: ACTGCCATAGCTACTGCTGC

S029

KCTD20

F: CGATGCAATCACTAAGCTGG

834

ENSBTAT00000027439: Exon 8

None

R: GCAGTTCTCATCCTTCGCAC

S030

RPS4Y1

F: TGCCAGCCTCTTGTCTCTCT

430

ENSBTAT00000036142: Exon 2

2A3;11 H24;63 N7; 82 N20;97O2;120P24

R: TACACCTGAGGAGGCCAAGT

S031

CDKN1A

F: GGATCGCTAAGAGCCGGACA

861

ENSBTAT00000011001: Exon 3

None

R: GGCAGTCGCTGCTTGAGGTA

S032

PPIL1

F: AATGGTCAATGCGCCTGCTT

888

ENSBTAT00000003071: Exon 4

30O17;139 K9;198 M20;271C5

R: CACCAACGGCAGCCAGTTCT

S033

PI16

F: CCTAGCAACAGAAGCCTCAA

461

ENSBTAT00000002703: Exon 5

54O24

R: AGGCCAAGATCTCACTGCAA

S034

FGD2

F: CACCTTGGTGACCAACATTC

414

ENSBTAT00000018834: Exon 16

304 K7;318I17

R: ACTGCCATAGCTACTGCTGC

S035

PIM1

F: AAGCACGTGGAGAAGGACCG

490

UniSTS:463218

None

R: GACTGTGTCCTTGAGCAGCG

S036

TBC1D22B

F: CTGTCCACCACTCCATGTCT

539

ENSBTAT00000018938: Exon 13

5 K4;26A20;49B1;98 G9

R: GGACATTCGGACGTGTAACT

S037

RNF8

F: TCTGAATGGTGTCTGGCTGA

708

ENSBTAT00000010959: Exon 3

None

R: TTCTCGAGCTGCTCCACTCT

S038

Loc509620

F: AGTGGCACACCGAAGCTC

666

UniSTS:267349

25P1;103D16;207 L11; 271 M7

R: AACTTCCTCTTGAAGCTTTTGC

S039

C23H6orf129

F: GGCAAGAGAACCGCAAGAAC

281

ENSBTAT00000016009: Exon 4

25P1;103D16

R: GCACGAAGTCCTTCTGGAGC

S040

MDGA1

F: TCTTGGCGTTGCAGAGATGA

228

ENSBTAT00000047505: Exon 16

None

R: TGTGCGTGTGTCGAACAACC

S041

ZFAND3

F: CGATTGGTTTAATTTTTTTTTTCA

200

UniSTS:34520

159 K21;185 L24;235B3

R: TGTGAAGTTTGTTAAATGTAAGGAA

S042

BTBD9

F: GATAGGTCTTACGCTGTTAG

155

UniSTS:279369

None

R: GAATGTACAGAATAGAAGTG

S043

Loc781915

F: AACCTCAAGTGCCTCTCCAG

714

Exon

67D11;70 N21;76E1; 240 K15;240O16

R: AACAAGTGTAGCCAGCCATC

S044

GL01

F: GATAGGTCTTACGCTGTTAG

155

UniSTS:279369

None

R: GAATGTACAGAATAGAAGTG

S045

Loc525414

F: GAAGAAGAGGTGATCGGTGTAGAG

216

UniSTS:476833

8 J2;13E21;24 K16; 24 N15;28 L5;112 N3

R: TTTCTCCTTCCCATACATTTCTGTG

S045b

GLP1R

F: CGAGTGTGAGGATTCCAAGC

418

Exon 4, 5 and intron

80 G15;138P3

R: GTAGCCCACCGTGTAGATGA

S046

C23H6orf64

F: GTCACAGCCACCATGGAGTC

415

ENSBTAT00000001425: Exon 2

19 F4;80 G15;138P3; 156B12; 336 L24

R: CGCAAGCTGTTCTCAGTCAA

S047

KCNK5

F: CTCCGACTCTGTGCTGGTGA

774

ENSBTAT00000014756: Exon 5

None

R: TACCACGCCTTGTACCGCTA

S048

KCNK17

F: AGAGTCCAGGCTCCTTCTAT

493

ENSBTAT00000013646: Exon 5

None

R: CTGCTATCCTCAGAGTTCCA

S049

Loc100139627

F: GTGGAGGGAACCTGCGGCAC

344

NC_007324.3: designed online

3 L3;51O8;189 L22; 253I5; 270 L14

R: AGGCCTCGGAAGAGCCCTGG

S050

Loc100138924

F: CTTGGTCTTGCGGGCCCCTG

493

NC_007324.3: designed online

145 G9;146 H11

R: CCAGGCTCTAGCCCTGCCCA

S051

DAAM2

F: CAGGGAGTGCTCTCAAAGGTAAAGG

307

UniSTS:476834

None

R: TCCTCCAGCCTGACTTCTCCTTC

S052

MOCS1

F: GGTCCAGGAAGGCTGAAGTG

661

ENSBTAT00000013792: Exon 11

None

R: GAAGGACGGATGGCTATGGT

S053

LRFN2

F: TTGTCATACACGGCGGTCCT

493

ENSBTAT00000023907: Exon 1

77E2;220 J8;325 J12; 325 J13

R: AGCTGAGCCTCGACCACAAC

S054

UNC5CL

F: TGACCAACGAGCAGCCACAC

278

UniSTS:476835

None

R: GCAGCAGGAGGAGCCAGAAG

S055

NFYA

F: GCCGATGAAGAAGCTATGAC

550

ENSBTAT00000013080: Exon 10

76 K24;118P22;136B19

R: CATGAGATGGAGCTTCCTTG

S056

TREM2

F: ACAACTCCTTGAAGCACTGG

229

ENSBTAT00000009568: Exon 2

86A4;178 L4;208 M19; 282 F4

R: TGGAGGCTCTGGCACTGGTA

S057

TREM1

F: CATCATTCCTGCAGCATGTG

515

ENSBTAT00000023397: Exon 4

30C8;73 K17;75A11; 75I21

R: GGCTGTGCCAGGTCTTAGTT

S058

LOC783024

F: CTGAGGACCAAGGCCATGCT

216

Exon

None

R: TGGTGTGGCACTGCAGGAAG

S059

FOXP4

F: AATTATCGCTCCAAGAGATTCCAC

250

UniSTS:384935

112I1;144 K17;181 F9; 299P14;314 F18

R: CCCATCCTTGTCTCCTCTTTACAT

S060

MDFI

F: GCTGTGTCCACTGCATCTTG

256

ENSBTAT00000025763: Exon 4

70B14;166C6;181 J11; 202B12; 229A10

R: GGTCAGGAGGAGAAGCAGAG

S061

PGC

F: GAAATTCTCTGCTAAACCCCTTCA

268

UniSTS:385581

14 G18;24O7;24O10; 103 G9; 139 N14

R: TCATCTAAGCAGAAACACCAGTAAATG

S062

USP49

F: GATGGAGTTCATGTAGCAGGTGTT

260

UniSTS:385828

None

R: GGAGCGCAAGAAGGAGGAG

S063

BYSL

F: TCAGAGGACCTGGAAGTGGA

538

ENSBTAT00000013326: Exon 7

3 M12;98 J10;182 F10

R: CTCTCATGCACAGCAGTGGA

S064

TAF8

F: TGGAGGAAGGAACTTGGTCACAGAG

228

UniSTS:476836

103 M11;133 J10;146 L22

R: GGTGCTTGAGGTTCGTTGAGTTGAG

S065

MGC137036

F: GAAGCAGGACCGTGAGCAGA

238

ENSBTAT00000017035: Exon 2

100O15;117E7;133 J9; 146 L22;171 L22;176P6

R: CTACGAGCGCCACAAGACCA

S066

TRERF1

F: GTGTGTCTGTTGCTGCGGTG

643

ENSBTAT00000020376: Exon 1

1O22;17 J12;79 H15; 81 J21;100O15;259 L15

R: TGGTCTAGGCTTGGCTGTTG

S067

Loc786000

F: TGGCAAGATGGCGGTGCCAG

379

NC_007324.3: designed online

6P21;32P14;142C8; 162E5;195C23;227D22

R: AGCAGCCTTGGCCCCACTCT

S068

UBR2

F: CTGCAAGCAACTGACCTCAC

169

ENSBTAT00000007833: Exon 2

6P21;129B6;162E5; 163E23;177 M6

R: CCAACTCAGGATCTTCACCA

S069

PRPH2

F: GTAGTGGACTCCAGGAACTTCG

232

UniSTS:279013

26 J6;26 L8;29 M14; 127A7;134B12;177A2

R: ACCACAGAGTCACCTGCTGAGA

S070

Loc540169

F: ATGAAAGGGTCAGGCGAAC

130

UniSTS:94727

144A13;164 L3;164 M2;164 M3;172O18;185 N10

R: ACAGAGCCGCTAACCGTG

S071

CNPY3

F: GAACAGTGGTCTGGCAAGAA

214

ENSBTAT00000021132: Exon 10

98 J16;172O18;185 N10;189O8;289 J21

R: GTTAGGCTCAGAGCTCGTCA

S072

CUL7

F: TTTCGACCTCGCTCTGAGTT

1,000

UniSTS:270008

74C2;189O8;289 J21; 325 K12

R: CTCCAGCATGTGCCAGTG

S073

PTK7

F: GACTCAGGAGCCTTCCAGTG

531

UniSTS:268417

54A6;127D14;142 L8; 163O23;204P7

R: CTGTATTGCAGCTTCCGAGG

S074

Loc540077

F: CTGAATACCTGATCCGATGG

417

Exon

54A6;142 L8;163O23; 204P7

R: GCATGTGCATGAGTAGGTCC

S075

Loc786439

F: GGCGTCTTTAATCAGGATTTGG

200

UniSTS:222501

None

R: AATCCAACACTTGAAACCGACA

S076

ZNF318

F: CTGTCTTCACTCGAAGCTCC

438

ENSBTAT00000013481: Exon 1

24 L23;66 G8;83 N5; 119 J9;162 F10

R: AGCTCCTACTTCGTTCCTCC

S077

TJAP1

F: GAGGACGAGGAAGAGCTGAA

654

ENSBTAT00000035977: Exon 12

None

R: CGTGCAGAGGATTGAAGGAG

S078

POLH

F: GACAGCCACACACATAAGCA

497

ENSBTAT00000007900: Exon 11

68 F17;71 H18;74P6; 124 L6;250 J4

R: GTCTCACAGAGTCGGACACG

S079

MRPS18A

F: AGTCGTGAGACCACTGCAGC

191

ENSBTAT00000056429: Exon 6

115P10;176 M14; 233 H10;278 K6;291I13

R: AGGACCTCCTGAGAGCCTGA

S080

VEGFA

F: GATCATGCGGATCAAACCTCACC

326

UniSTS:471318

12B17;12 H11;30 L7; 63B18;124 J8;249D14

R: CCTCCGGACCCAAAGTGCTC

S081

MRPL14

F: TCAGAACTGCTCCATTCACG

182

UniSTS:64809

117 J15

R: CAACAACGTGGTCCTCATTG

S082

SLC29A1

F: GGTGGTCTTTGAGCACGACT

537

UniSTS:207086

None

R: CCGGAACAGGAAGGAGAAG

S083

AARS2

F: CACTGGAAGCACTGCTGACC

325

ENSBTAT00000018232: Exon 22

None

R: GCAGCCAGAACAGCCATGTA

S084

CDC5L

F: CCAACTCAGTGGAGGACCAT

750

UniSTS:267825

134E15;147I12

R: GGCTTTGTTTCTGGATTTGG

S085

SUPT3H

F: CTTCTGCCTGGAACTTGCACTTG

208

UniSTS:476839

23P23;80P15;110 F4;5;6

R: TGCTTACTGTCTCCCACCTAGATTG

S086

Loc536911

F: TACCAGCCACCGAGACCAA

309

UniSTS:280406

9 G19;9 H22;9I23;24; 59B8

R: AGAGGCTGTTTGACGCCATAG

S086b

CLIC5(BM1258)

F: GTATGTATTTTTCCCACCCTGC

158

UniSTS:56663

291I15

R: GAGTCAGACATGACTGAGCCTG

S087

ENPP4

F: GAACCAGCTCACCAATGTGT

595

ENSBTAT00000004547: Exon 2

72 M13;74O6;127 F7; 182 K12;299 N7

R: TCCTCTGCTTCACCACCTAA

S088

RCAN2

F: TCTTTACTGTCTGAGCCACC

132

UniSTS:69107

None

R: TACACTCAGAGCTAGTTTGC

S089

CYP39A1

F: AGGTGATGGTGGCAACTATG

200

UniSTS:15671

57E15;181B7;202D23; 213A17;261 M4

R: CATGTGTCCATAATTTGATTGC

S090

TDRD6

F: GAGTTCTTCCACCTGCCGTC

490

ENSBTAT00000013158: Exon 1

114B7;147E14;190 N9; 329 H12;350E16

R: ATACCTGAGCCATGCTCTCG

S091

Loc785478

F: TACGCCACCTACACACACAC

439

Exon

65 L20;133 M1;211 N8; 233B22;233O14

R: GACTGGTAGCTCCTGATCTG

S092

GPR116

F: CACATCCAGTGCTTATTCAT

302

ENSBTAT00000035930: Exon 18

291 M9

R: TAGACAGAGAAGTTGGCTTG

S093

GPR110

F: AGTGGACAGATACCGGCTGC

452

ENSBTAT00000028795: Exon 10

None

R: AGGTGTGGCCATGTGATGGA

S094

TNFRSF21

F: CAGAGCAGAAGGCACCAAGT

500

ENSBTAT00000047874: Exon 11

118P16;351 H10

R: ATTGTCTGCCTCCTTGGTCC

S095

LOC785024

F: GGTTGTCAAGCCACTCGAAT

611

Exon

14B7;79 L8;168 N8; 264 L6

R: CGGAGTATATGGCCAGTGTT

S096

LOC512926

F: AGAGCAGAAGGCACCAAGTC

437

Exon

27A8;290 J19;351 H10

R: ACGCTCTGCATCTCATCACA

S097

CD2AP

F: TACCACAACACCAACTGCAT

309

UniSTS:278169

1 H10;14A2;75 J19; 114B12;151 J21;166 L22

R: TTACCGGGATCACAGAAACA

S098

GPR115

F: CACAGTGGTGGCAGCAATAA

490

ENSBTAT00000003815: Exon 5

None

R: GAATAGAGTGCAATGCCGGT

S099

OPN5

F: CTACATCTGCCTGGCGGTCA

287

ENSBTAT00000021933: Exon 4

167I8;228 M7

R: CATGGCTGCTATGGATCCGA

S100

MGC148542

F: ACATTTTCTCCTTCTTTGGCTCC

272

UniSTS:133880

1A19;1B9;140A1; 216D18;319I16

R: GATAGAGGATGACGACAAATGGC

S101

Loc785693

F: AGCCAGGTAGAGTTCCAATG

518

Exon

17 K13;75E1;76B22; 103 F21

R: AGTCTCGGCAGTTACCTTGA

S102

MUT

F: AGCAAAGCACATGCCAAAAT

750

UniSTS:279392

74 J7;8;86P12;252B10; 255 G2;266O16;313 L2

R: TTCCCCAGAAGAAAGACAAC

S103

Loc787783

F: GGAATCATCAACCCAGTGAGAAAGC

269

UniSTS:476844

255 G2;266O16;274D6; 288I23

R: CACACGGCGGCAGAAAGAGG

S104

RHAG

F: GAATCGATGACCATCCATGC

470

ENSBTAT00000015012: Exon 4,5

53D7;173C22;186 L10; 226 G3;4;226 H7

R: AGAAGGCTGGAACATGCGTA

S105

Loc100138627

F: AATGAATAGTATCCCCAATACCTGC

150

UniSTS:164033

None

R: GTCCACAAAACATTCTCCTTTCC

S106

TFAP2D

F: TAAGCTTTCGGAGAAACCCA

1422

UniSTS:482175

5 K4; 139 L18;230 K5

R: CAGCAGCAAGACTCTCTGGA

S107

TFAP2B

F: TGCATGCTCCCTCCTCTC

120

UniSTS:71657

25D11;25 F24;142E22; 161A23;167 J23;189D14

R: CCTCGTCCAATTATGGTGCT

S108

Loc100138859

F: GGAGCACCACAGTACGTAAG

561

Exon

None

R: GAGGTGTGCCTGTATTGCTA

S109

Loc537895

F: TTCTCTCAAATGATGAATATGCTTC

270

UniSTS:251053

56 J7;86O3;87 H23; 277 G10;277 H11

R: GGACTATTCTATGCATGCCTCTC

S110

IL17A

F: CACTCAGGCTGTATCAATGC

591

ENSBTAT00000002786: Exon 3

13B24;74A7;74E17; 164 H22;164I23

R: CAGCTGTGTCATGTACTCCA

S111

MCM3

F: TGTCCCGATTTGACCTTCTC

515

UniSTS:268664

69 G8;168E20;223C7; 263 M23;270P6

R: GTCATCAGGGCTGAAGTTGG

S112

PAQR8

F: TCTATGTCCTGTCCTCCATC

447

ENSBTAT00000035844: Exon 2

102 M1;160 L10

R: AGAAGAAGTAGGCACTGACC

S113

TRAM2

F: TGTTCTACATCTTCATCGCCA

630

UniSTS:267311

13P23;53 J18;92C23

R: ACCAGATCACCGAGCTGAGA

S114

TMEM14A

F: CTACCCAAGAAACACTGTCGC

286

ENSBTAT00000006857: Exon 6

2C18;31C1;139B24; 183A23;280 K17

R: AGAGCATTCTATGAAGCCCG

S115

ICK

F: ACGGACTGGATCGCTAAGTA

627

ENSBTAT00000020711: Exon 14

2C18;76A8;77 G6; 198C12;199 K7

R: CAGAACAGCACAGCGGTATT

S116

GCM1

F: AGCTGTCCAACTGCCTCCTG

363

ENSBTAT00000010709: Exon 6

141A15;199 K7;230E24; 314I2

R: TGGGAAGGGGAGAAGTCGTA

S117

ELOVL5

F: CTACAGCCACGAGACAGTTT

182

UniSTS:279336

64 N21;82O21;90C20; 127 J19;163 F13

R: GGTTTCAATCATTCTTTCAT