Skip to main content

Table 2 Significant genotypic associations with anthocyanin content- and fruit color-related traits

From: Linkage disequilibrium and genome-wide association analysis for anthocyanin pigmentation and fruit color in eggplant

Trait

Marker

Chrom.

Position (cM)

Association group

p-value

q-value

PVE

MAF

adlan

10532_PstI_L317

E01

28.48

E01.1

5.04E-04

1.19E-02

8%

24.6%

 

21901_PstI_L329

E02

58.27

E02.1

2.34E-03

4.80E-02

6%

19.9%

 

24985_PstI_L311

E06

151.80

E06.1

3.76E-11

2.32E-09

22%

33.5%

 

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

2.04E-05

5.24E-04

11%

48.7%

 

15158_PstI_L379

E10

69.39

E10.2

4.08E-07

1.79E-05

13%

43.5%

 

36033_PstI_L358

E11

68.04

E11.1

1.69E-05

4.74E-04

11%

42.4%

stean

27031_PstI_L365

E01

110.78

E01.2

3.25E-04

1.77E-02

7%

31.4%

 

21901_PstI_L329

E02

58.27

E02.1

7.73E-04

2.85E-02

7%

19.9%

 

12391_PstI_L355

E05

94.93

E05.1

1.05E-03

2.85E-02

7%

46.6%

 

9226_PstI_L398

E08

1.80

E08.1

1.47E-03

3.63E-02

5%

19.4%

 

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

5.51E-09

1.50E-06

18%

48.7%

 

15158_PstI_L379

E10

69.39

E10.2

2.89E-05

3.92E-03

9%

43.5%

 

19126_PstI_L349

E10

69.39

E10.2

2.08E-04

1.41E-02

7%

5.7%

 

31471_PstI_L271

E10

70.39

E10.2

1.91E-03

3.99E-02

6%

30.4%

 

3382_PstI_L285

E10

128.30

E10.3

9.56E-04

2.85E-02

6%

29.8%

 

19601_PstI_L364

E10

128.34

E10.3

9.56E-04

2.85E-02

6%

29.8%

 

33571_PstI_L387

E10

128.55

E10.3

9.56E-04

2.85E-02

6%

29.8%

calan

21901_PstI_L329

E02

58.27

E02.1

2.87E-05

2.71E-03

11%

19.9%

 

31763_PstI_L370

E10

6.25

E10.1

3.37E-04

2.39E-02

8%

43.5%

 

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

5.96E-12

1.69E-09

24%

48.7%

 

15158_PstI_L379

E10

69.39

E10.2

5.12E-08

7.24E-06

15%

43.5%

adlvean

21901_PstI_L329

E02

58.27

E02.1

3.74E-04

1.48E-02

8%

19.9%

 

25734_PstI_L387

E05

87.34

E05.1

1.51E-03

3.26E-02

7%

39.3%

 

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

1.22E-09

2.91E-07

20%

48.7%

 

15158_PstI_L379

E10

69.39

E10.2

2.41E-05

2.87E-03

9%

43.5%

 

19126_PstI_L349

E10

69.39

E10.2

1.36E-03

3.23E-02

5%

5.7%

 

3382_PstI_L285

E10

128.30

E10.3

1.68E-04

7.99E-03

7%

29.8%

 

19601_PstI_L364

E10

128.34

E10.3

1.68E-04

7.99E-03

7%

29.8%

 

33571_PstI_L387

E10

128.55

E10.3

1.68E-04

7.99E-03

7%

29.8%

 

36033_PstI_L358

E11

68.04

E11.1

7.80E-04

2.10E-02

7%

42.4%

ablvean

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

8.16E-07

1.35E-04

14%

48.7%

 

15158_PstI_L379

E10

69.39

E10.2

4.21E-07

1.35E-04

13%

43.5%

 

31471_PstI_L271

E10

70.39

E10.2

7.03E-04

3.87E-02

7%

30.4%

 

3382_PstI_L285

E10

128.30

E10.3

7.28E-06

4.81E-04

10%

29.8%

 

19601_PstI_L364

E10

128.34

E10.3

7.28E-06

4.81E-04

10%

29.8%

 

33571_PstI_L387

E10

128.55

E10.3

7.28E-06

4.81E-04

10%

29.8%

pedan

25734_PstI_L387

E05

87.34

E05.1

3.80E-06

4.28E-04

12%

39.3%

 

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

2.05E-10

6.94E-08

20%

48.7%

 

15158_PstI_L379

E10

69.39

E10.2

1.39E-09

2.35E-07

17%

43.5%

 

3382_PstI_L285

E10

128.30

E10.3

1.90E-04

1.07E-02

7%

29.8%

 

19601_PstI_L364

E10

128.34

E10.3

1.90E-04

1.07E-02

7%

29.8%

 

33571_PstI_L387

E10

128.55

E10.3

1.90E-04

1.07E-02

7%

29.8%

fcol

27031_PstI_L365

E01

110.78

E01.2

4.66E-04

9.83E-03

7%

31.4%

 

25776_PstI_L386

E05

100.27

E05.1

1.07E-04

4.53E-03

11%

20.4%

 

34571_PstI_L286

E07

15.66

E07.1

2.60E-04

6.09E-03

6%

46.6%

 

19381_PstI_L396

E10

64.21

E10.2

8.81E-05

4.53E-03

10%

49.2%

 

35442_PstI_L404

E10

69.13

E10.2

1.22E-08

2.58E-06

22%

48.7%

 

19126_PstI_L349

E10

69.39

E10.2

2.15E-04

5.67E-03

10%

5.7%

 

3382_PstI_L285

E10

128.30

E10.3

1.51E-04

4.53E-03

6%

29.8%

 

19601_PstI_L364

E10

128.34

E10.3

1.51E-04

4.53E-03

6%

29.8%

 

33571_PstI_L387

E10

128.55

E10.3

1.51E-04

4.53E-03

6%

29.8%

 

36033_PstI_L358

E11

68.04

E11.1

6.92E-06

7.30E-04

17%

42.4%

fglo

3687_PstI_L304

E03

104.00

E03.1

4.87E-04

3.88E-02

6%

23%

 

3382_PstI_L285

E10

128.30

E10.3

1.07E-05

1.14E-03

10%

30%

 

19601_PstI_L364

E10

128.34

E10.3

1.07E-05

1.14E-03

10%

30%

 

33571_PstI_L387

E10

128.55

E10.3

1.07E-05

1.14E-03

10%

30%

  1. The associated SNPs’ ID, genomic location, relevant association group, the significance of the association (both p- and q-values), PVE (phenotypic variability explained) and MAF (minimum allele frequency) are shown.