Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

Kouadjo, Kouame E; Nishida, Yuichiro; Cadrin-Girard, Jean F; Yoshioka, Mayumi; St-Amand, Jonny

doi:10.1186/1471-2164-8-127

BMC Genomics

Table 4 Specific genes expressed in the skin, liver, adipose tissue, lungs, bone, and skeletal muscle

From: Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

																Tissues from GEO and accession number
Tag	Testis	Prostate	Ovary	Mammary gland	Uterus	Vagina	Skin	Liver	Adipose tissue	Lung	Bone	Skeletal muscle	Cerebral cortex	Hypothalamus	Pituitary gland	Mouse embryonic fibroblasts GSM7759	Heart normal GSM106587	Thymus normal GSM106587	Bladder normal GSM106599	Kidney normal GSM56242	Spleen normal GSM106591	Pancreas normal GSM 106592	Intestine UniGene and EST expression (%)	Description [UniGene cluster, GenBank Accession No]	General function
Skin
ATTCCCTGTTA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	299	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin associated protein 8-1 [Mm.13979, D86423]	Cell structure
AAGTGAAAGCA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	204	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	trichohyalin – human [Mm.1160, CD545918]	Fibrillar forming collagen
CCTCCATTTCC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	86	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin complex 1, acidic, gene 4 [Mm.289644, NM_027563]	Cell structure
GTTCTCAGTAT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	66	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin associated protein 6-1 [Mm.310892, D86419]	Cell structure
TTGCTTCTGGG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	65	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin associated protein 3-2 [Mm.46389, NM_025720]	Cell structure
AAGCTTTGATA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	59	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin associated protein 16-5 [Mm.28425, NM_130857]	Cell structure
GCTTCACCTTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	40	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin associated protein 11-1 [Mm.310906, AV018433]	Cell structure
ATGGTCTGAGC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	40	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	S100 calcium binding protein A17 [Mm.68064, NM_027762]	Cell signaling
CAACTCCTTTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	35	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin complex 1, acidic, gene 1 [Mm.19109, NM_010659]	Cell structure
GGCCTGGCTTA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	35	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	lymphocyte antigen 6 complex, locus G6C [Mm.215096, NM_023463]	Cell defence
GTACTGTCTTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	34	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	keratin associated protein 4.7 (Homo sapiens) [Mm.340791, AV089658]	Cell structure
TCCTGCACAAT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	25	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	G protein-coupled receptor, family C, group 5, member D [Mm.49902, NM_053118]	Cell signaling
Liver
AAGACTCAGGA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	185	0^a	0^a	3^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	albumin 1 [Mm.16773, NM_009654]	Cell defence
TCGGACCATAG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	120	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	alpha 1 microglobulin/bikunin [Mm.2197, NM_007443]	Cell defence
CAAATAGGTTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	101	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade A, member 1a [Mm.259233, AI527352]	Cell defence
ACCCTTAGAGA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	93	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	betaine-homocysteine methyltransferase [Mm.329582, NM_016668]	Amino acid metabolism
GCCACGCCCCC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	89	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	4-hydroxyphenylpyruvic acid dioxygenase [Mm.6584, NM_008277]	Amino acid metabolism
GTGATTGCTGA	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	79	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	murinoglobulin 2 [Mm.244937, NM_008646]	Cell defence
TGTTCCGTCTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	67	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	coagulation factor II [Mm.89048, NM_010168]	Cell defence
TTTCTTAAATC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	67	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	esterase 31-like [Mm.347422, NM_144511]	Cell defence
TTGTCCTCGTA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	61	0^a	2^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	inter alpha-trypsin inhibitor, heavy chain 4 [Mm.211681, NM_018746]	Cell defence
GCGATGAAATC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	59	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	esterase 1 [Mm.88078, AI256598]	Cell defence
CTCATCGTATG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	57	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
GGCACCTTCAC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	56	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	peptidoglycan recognition protein 4 [Mm.316644, XM_357978]	Cell defence
GAGCTGTTTCT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	56	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 40 [Mm.335940, NM_010004]	Steroid hormone synthesis
TTGCAAGGCTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	46	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0	albumin 1 [Mm.16773, AI747247]	Cell defence
GAGCTCTTCCT	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	45	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	cytochrome P450, family 2, subfamily d, polypeptide 26 [Mm.29064, NM_029562]	Steroid hormone synthesis
AGACCTTGGGA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	44	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	kininogen 2 [Mm.2160, NM_023125]	Cell defence
GTTGCTGACCG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	43	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	plasminogen [Mm.971, NM_008877]	Protein synthesis
AAAACAGAAAA	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	39	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
TGTGTTATTTT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	35	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	regucalcin [Mm.2118, NM_009060]	Regulation of enzymatic activity
AAAGTCCTCGA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	34	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	aldo-keto reductase family 1, member C6 [Mm.196666, NM_030611]	Catalytic activity
GATACAGACTA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	33	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
GACACACACTA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	32	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
ACATTTCCAGA	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	28	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	2^a	0^a	0^a	0	silica-induced gene 111 [Mm.330825, AV058272]	promoting cell survival
GGGACATTCGG	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	25	0^a	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 2 [Mm.290044, BC013442]	Transport
AAATTATTCCT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	24	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	major urinary protein 1 [Mm.335875, AW110035]	Cell defence
Adipose tissue
CCAGCACTCAA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	31	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	leptin [Mm.277072, NM_008493]	Cell signaling
TACCTTTCATA	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	29	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	7	lectin, galactose binding, soluble 12 [Mm.298242, NM_019516]	Cell division
Lung
CAAGGATCTAC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	85	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	surfactant associated protein D [Mm.1321, NM_009160]	Cell defence
TGTCTGCCTCT	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	1^a	45	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	claudin 18 [Mm.35090, AK033657]	Cell signaling
ACCCACACTCC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	40	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	surfactant associated protein A1 [Mm.46062, NM_023134]	Cell defence
GCTCACAGAAA	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	35	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	palate, lung, and nasal epithelium carcinoma associated [Mm.268852, NM_011126]	Cell defence
GGCATCCCATT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	31	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	secretoglobin, family 3A, member 1 [Mm.22802, NM_170727]	Cell defence
Bone
CTTTCCTGGGT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	144	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	proteoglycan 2, bone marrow [Mm.142727, NM_008920]	Cell defence
TTTTGGGCACA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0	122	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	4^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	solute carrier family 4 (anion exchanger), member 1 [Mm.7248, NM_011403]	transport
TATGTGGACTG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	2^a	1^a	0^a	59	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	proteinase 3 [Mm.2364, NM_011178]	Cell defence
TGCCGCCGTCG	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	52	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	neutrophil elastase [Mm.262194, BX632826]	Cell defence
ACAGGAAGAGC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	39	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	eosinophil peroxidase [Mm.1315, NM_007946]	Cell defence
CCCTGGATCAA	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	29	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	cathepsin G [Mm.4858, NM_007800]	Cell defence
CTGAGGTGGGC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	25	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	claudin 13 [Mm.86652, NM_020504]	Cell signaling
GAAATATTCAC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	25	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	membrane-spanning 4-domains, subfamily A, member 3 [Mm.119630, NM_133246]	Cell defence
AAAGTGTGACC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	25	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	72	carbonic anhydrase 1 [Mm.273195, NM_009799]	Cell defence
Skeletal muscle
TGGAACGAGCA	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	1^a	68	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
TGGGCAGCCTT	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	1^a	58	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	myosin light chain, phosphorylatable, fast skeletal muscle [Mm.14526, AV165375]	Cell structure
GACCTGAGGGC	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	41	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
ACCTCTATATA	0^a	0^a	0^a	2^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	38	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	tropomyosin 3, gamma [Mm.240839, U04541]	Cell structure

^a Significant difference vs. no. of tags shown in bold (p < 0,05)

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com