Skip to main content

Table 5 Comparison of conserved cereal uORFs and their main ORF start context'

From: Conserved upstream open reading frames in higher plants

In five cereals

Identifier

uORF1

uORF2

uORF3

uORF4

uORF5

Main ORF

AK106095

131_9_17a CCGATGCb

    

157_1179 CCCATGG

AK103391

205_75_74 TTGATGA

    

354_1116 CAAATGG

AK100589

240_9_334 TGGATGT

248_156_179 CTAATGG

296_108_179 TTGATGT

  

583_1197 CCAATGG

AK073303

67_9_142 TCCATGC

135_9_74 CTCATGA

   

218_774 AGCATGG

AK072868

249_27_248 GGAATGC

259_195_70 AAGATGT

269_39_216 TGCATGC

338_90_96 TTCATGA

392_36_96 ACTATGG

524_1332 GTGATGG

AK072649

100_192_117 CTCATGA

    

409_1443 AAGATGG

AK066145

178_12_58 GCTATGG

    

248_360 GAGATGG

AK064792

276_15_187 CGGATGC

    

478_330 GGAATGG

AK060523

173_123_185 ACTATGG

    

481_501 CGGATGG

In rice and arabidopsis

Identifier

uORF1

uORF2

uORF3

uORF4

uORF5

Main ORF

AK101100

142_12_21 GCCATGG

    

175_1578 AAGATGG

AK066952

365_66_182 CCAATGA

368_63_182 ATGATGA

503_51_59 CTGATGA

  

613_2085 GGGATGC

AK119592

304_90_148 CCGATGA

    

542_1032 GCGATGG

AK100589

248_156_179 CTAATGG

    

583_1197 CCAATGG

AK103391

176_30_148 AACATGA

205_75_74 TTGATGA

   

354_1116 CAAATGG

AK069534

813_9_432 TCGATGA

    

1254_1602 GAGATGC

AK069526

214_126_544 GATATGG

690_9_185 TTGATGG

820_36_28 CATATGA

  

884_1455 AAAATGG

AK072868

338_90_96 TTCATGA

    

524_1332 GTGATGG

AK060523

173_123_185 ACTATGG

206_90_185 CCGATGC

   

481_501 CGGATGG

AK067412

222_84_49 CTGATGC

    

355_1059 GGGATGG

AK102277

228_117_150 TCTATGC

    

495_1017 GAAATGG

  1. a Pre-orf distance_uORF length_intercistronic distance.
  2. b uORF or mainORF sequence context from -3 position to +4.