Skip to main content

Table 3 Information of SSR loci following amplification from 18 Cruciferae accessions

From: Genome-wide identification of SSR and SNP markers from the non-heading Chinese cabbage for comparative genomic analyses

Locus

MAF

Gn

Na

Ne

I

Ho

He

Fst

Nm

Gd

PIC

P HW

BrcSSR01

0.5357

3

2

1.9898

0.6906

0.0714

0.5159

0.9601

0.0104

0.4974

0.3737

0.0030

BrcSSR02

0.9375

3

3

1.1353

0.2771

0.1250

0.1230

0.8173

0.0559

0.1191

0.1157

1.0000

BrcSSR03

0.7000

2

2

1.7241

0.6109

0.6000

0.4345

0.5814

0.1800

0.4200

0.3318

0.2230

BrcSSR04

0.7308

2

2

1.6488

0.5825

0.5385

0.4092

0.7156

0.0994

0.3935

0.3161

0.4870

BrcSSR05

0.8235

3

3

1.4378

0.5783

0.3529

0.3137

0.5610

0.1957

0.3045

0.2809

1.0000

BrcSSR06

0.9063

2

2

1.2047

0.3111

0.1875

0.1754

0.7578

0.0799

0.1699

0.1555

1.0000

BrcSSR07

0.6111

3

3

1.9817

0.7683

0.7778

0.5095

0.2150

0.9130

0.4954

0.3972

0.0210

BrcSSR08

0.8750

2

2

1.2800

0.3768

0.2500

0.2258

0.7097

0.1023

0.2188

0.1948

1.0000

BrcSSR09

0.6875

2

2

1.7534

0.6211

0.6250

0.4435

0.4944

0.2557

0.4297

0.3374

0.2530

BrcSSR10

0.8214

3

3

1.4465

0.5894

0.3571

0.3201

0.7613

0.0784

0.3087

0.2862

1.0000

BrcSSR11

0.8125

2

2

1.4382

0.4826

0.3750

0.3145

0.6301

0.1467

0.3047

0.2583

1.0000

BrcSSR12

0.8611

3

3

1.3252

0.4724

0.2778

0.2524

0.4340

0.3261

0.2454

0.2259

1.0000

BrcSSR13

0.8824

3

3

1.2731

0.4438

0.2353

0.2210

0.6289

0.1475

0.2145

0.2037

1.0000

BrcSSR14

0.9063

3

3

1.2104

0.3708

0.1875

0.1794

0.7600

0.0789

0.1738

0.1658

1.0000

BrcSSR15

0.5909

3

3

2.1802

0.8932

0.8182

0.5671

0.6983

0.1080

0.5413

0.4632

0.2370

BrcSSR16

0.5667

3

2

1.9651

0.6842

0.3333

0.5080

0.7852

0.0684

0.4911

0.3705

0.2940

BrcSSR17

0.8889

2

2

1.2462

0.3488

0.2222

0.2032

0.4375

0.3214

0.1975

0.1780

1.0000

BrcSSR18

0.8667

3

3

1.3120

0.4677

0.2667

0.2460

0.7639

0.0773

0.2378

0.2211

1.0000

BrcSSR19

0.6944

3

3

1.8567

0.7945

0.6111

0.4746

0.3378

0.4901

0.4614

0.4064

0.4530

BrcSSR20

0.8571

2

2

1.3243

0.4101

0.2857

0.2540

0.7955

0.0643

0.2449

0.2149

1.0000

BrcSSR21

0.5000

2

3

2.2192

0.8676

1.0000

0.5651

0.0899

2.5312

0.5494

0.4479

0.0000

BrcSSR22

0.5278

2

2

1.9938

0.6916

0.9444

0.5127

0.0526

4.5000

0.4985

0.3742

0.0010

BrcSSR23

0.5556

3

3

2.3143

0.9369

0.8889

0.6013

0.7509

0.0829

0.5679

0.4889

0.2350

BrcSSR24

0.8125

2

2

1.4382

0.4826

0.3750

0.3145

0.6301

0.1467

0.3047

0.2583

1.0000

BrcSSR25

0.9167

2

2

1.1803

0.2868

0.1667

0.1594

0.9109

0.0245

0.1528

0.1411

1.0000

BrcSSR26

0.8056

3

3

1.4761

0.5723

0.3889

0.3317

0.3971

0.3795

0.3225

0.2854

1.0000

BrcSSR27

0.8889

4

4

1.2583

0.4644

0.2222

0.2111

0.4586

0.2951

0.2052

0.1979

1.0000

BrcSSR28

0.6667

2

2

1.8000

0.6365

0.6667

0.4598

0.5477

0.2064

0.4444

0.3457

0.1120

BrcSSR29

0.5625

3

2

1.9692

0.6853

0.7500

0.5081

0.4433

0.3140

0.4922

0.3711

0.1300

BrcSSR30

0.5882

4

3

2.2403

0.9238

0.7059

0.5704

0.4462

0.3103

0.5536

0.4818

0.0440

BrcSSR31

0.5000

5

4

2.5424

1.0755

0.4667

0.6276

0.7325

0.0913

0.6067

0.5326

0.0720

BrcSSR32

0.5000

2

3

2.3226

0.9184

1.0000

0.5857

0.1220

1.8000

0.5694

0.4768

0.0000

BrcSSR33

0.9167

3

3

1.1846

0.3399

0.1667

0.1603

0.4653

0.2872

0.1559

0.1494

1.0000

BrcSSR34

0.9706

2

2

1.0606

0.1327

0.0588

0.0588

0.8252

0.0529

0.0571

0.0555

1.0000

BrcSSR35

0.9118

2

2

1.1918

0.2984

0.1765

0.1658

0.6687

0.1239

0.1609

0.1480

1.0000

BrcSSR36

0.9000

2

2

1.2195

0.3251

0.2000

0.1862

0.8065

0.0600

0.1800

0.1638

1.0000

BrcSSR37

0.9412

2

2

1.1245

0.2237

0.1176

0.1141

0.7313

0.0918

0.1107

0.1046

1.0000

BrcSSR38

0.6667

3

3

1.9059

0.7867

0.6667

0.4889

0.2987

0.5870

0.4753

0.4035

0.2370

BrcSSR39

0.9167

3

3

1.1846

0.3399

0.1667

0.1603

0.4653

0.2872

0.1559

0.1494

1.0000

BrcSSR40

0.7778

3

3

1.5844

0.6767

0.4444

0.3794

0.3975

0.3789

0.3688

0.3368

1.0000

BrcSSR41

0.9444

2

2

1.1172

0.2146

0.0000

0.1079

1.0000

0.0000

0.1049

0.0994

0.0290

BrcSSR42

0.5588

7

5

2.6514

1.2203

0.3529

0.6417

0.7488

0.0839

0.6228

0.5802

0.0020

BrcSSR43

0.8235

4

3

1.4378

0.5783

0.2941

0.3137

0.6341

0.1442

0.3045

0.2809

0.3940

BrcSSR44

0.7222

5

4

1.7753

0.8136

0.3333

0.4492

0.6184

0.1543

0.4367

0.3930

0.0420

BrcSSR45

0.6250

4

4

2.1603

0.9705

0.7500

0.5544

0.4745

0.2769

0.5371

0.4794

0.3320

BrcSSR46

0.8438

2

2

1.3581

0.4334

0.3125

0.2722

0.6679

0.1243

0.2637

0.2289

1.0000

BrcSSR47

0.4667

5

4

2.6946

1.1056

0.3333

0.6506

0.8129

0.0575

0.6289

0.5570

0.0010

BrcSSR48

0.6389

4

4

2.0903

0.9394

0.5556

0.5365

0.4675

0.2848

0.5216

0.4633

0.0510

BrcSSR49

0.9722

2

2

1.0571

0.1269

0.0556

0.0556

0.4857

0.2647

0.0540

0.0526

1.0000

BrcSSR50

0.8333

4

4

1.4179

0.6191

0.3333

0.3032

0.4346

0.3253

0.2948

0.2797

1.0000

BrcSSR51

0.7188

4

3

1.7840

0.7731

0.3125

0.4536

0.7507

0.0830

0.4395

0.3934

0.1350

BrcSSR52

0.6765

5

4

1.9727

0.9231

0.4118

0.5080

0.6451

0.1376

0.4931

0.4473

0.3640

BrcSSR53

0.5385

2

2

1.9882

0.6902

0.9231

0.5169

0.5481

0.2061

0.4970

0.3735

0.0060

BrcSSR54

0.9722

2

2

1.0571

0.1269

0.0556

0.0556

0.4857

0.2647

0.0540

0.0526

1.0000

BrcSSR55

0.8889

2

2

1.2462

0.3488

0.2222

0.2032

0.4375

0.3214

0.1975

0.1780

1.0000

BrcSSR56

0.5625

3

3

2.2555

0.9126

0.8750

0.5746

0.4014

0.3728

0.5566

0.4742

0.0110

BrcSSR57

0.8889

3

3

1.2558

0.4258

0.1111

0.2095

0.7273

0.0937

0.2037

0.1939

0.0580

BrcSSR58

0.6154

3

2

1.8989

0.6663

0.4615

0.4923

0.7702

0.0746

0.4734

0.3613

1.0000

BrcSSR59

0.5625

2

2

1.9692

0.6853

0.8750

0.5081

0.3505

0.4632

0.4922

0.3711

0.0080

BrcSSR60

0.9118

2

2

1.1918

0.2984

0.1765

0.1658

0.6687

0.1239

0.1609

0.1480

1.0000

Mean

0.7524

3

2.7

1.6387

0.5885

0.4136

0.3571

0.5581

0.1980

0.3456

0.2970

0.5706

  1. Note: The above shown for each SSR were the major allele frequency (MAF), genotype number (Gn), number of alleles detected (Na), effective number of alleles (Ne), Shannon’s Information index (I), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), F-Statistics (Fst), Gene flow estimated from Fst = 0.25(1 - Fst)/Fst (Nm), gene diversity (Gd), polymorphism information content (PIC) and Chi-square test for Hardy-Weinberg equilibrium (PHW).