Table 6 SNP distribution and corresponding transition to transversion ratio (Ts/Tv) in coding regions (CDS), 5′UTRs and 3′UTRs

All SNPs (biallelic)

88,730

99.7 %^a

31.5 %

32.0 %

8.4 %

8.5 %

12.1 %

7.6 %

SNPs in CDs (biallelic)

60,511

32.4 %

33.2 %

7.9 %

8.1 %

11.3 %

7.0 %

SNPs in 5’UTRs (biallelic)

9512

28.1 %

29.3 %

9.5 %

9.6 %

14.1 %

9.3 %

SNPs in 3′UTRs (biallelic)

17,923

30.2 %

29.4 %

9.5 %

8.9 %

13.6 %

8.5 %

P. axillaris and P. exserta (biallelic)

25,650

99.2 %

30.5 %

31.2 %

8.9 %

9.1 %

12.2 %

8.0 %

SNPs in CDs (biallelic)

14,686

99.1 %

31.7 %

32.9 %

8.4 %

8.8 %

11.0 %

7.2 %

SNPs in 5′UTRs (biallelic)

3842

99.5 %

27.6 %

29.1 %

10.0 %

10.2 %

13.9 %

9.2 %

SNPs in 3′UTRs (biallelic)

6753

99.3 %

29.7 %

28.9 %

9.6 %

9.0 %

14.0 %

8.8 %

P. integrifolia and P. axillaris (biallelic)

72,926

99.6 %

31.8 %

32.3 %

8.2 %

8.3 %

12.0 %

7.5 %

SNPs in CDs (biallelic)

52,413

99.7 %

32.6 %

33.3 %

7.8 %

8.0 %

11.3 %

7.0 %

SNPs in 5′UTRs (biallelic)

6765

99.7 %

28.7 %

29.5 %

9.0 %

9.4 %

14.2 %

9.3 %

SNPs in 3′UTRs (biallelic)

13,263

99.6 %

30.3 %

29.6 %

9.5 %

8.9 %

13.5 %

8.3 %

P. exserta and P. integrifolia (biallelic)

79,182

99.%

31.8 %

32.3 %

8.3 %

8.3 %

11.9 %

7.4 %

SNPs in CDs (biallelic)

56,820

99.7 %

32.7 %

33.3 %

7.9 %

8.0 %

11.2 %

6.9 %

SNPs in 5′UTRs (biallelic)

7396

99.7 %

28.2 %

29.8 %

9.4 %

9.3 %

14.0 %

9.3 %

SNPs in 3′UTRs (biallelic)

14,451

99.6 %

30.2 %

29.6 %

9.5 %

8.8 %

13.6 %

8.3 %