Table 8 Experimental design parameters for MS EM datasets
Region | Amplicon design method | Primer (f) | Primer (r) | Input (ng) | PCR cycle no. | Taq | No. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
V4 | DI | 515 | 805RA | 2 | 12 + 18 | HF | 1 |
V4 | DI | 515 | 806rcb | 2 | 12 + 18 | HF | 1 |
V4 | DI | 515 | 806rcb | 2 | 10 + 15 | HF | 3 |
V4 | DI | F515A | 806rcb | 2 | 8 + 15 | HF | 1 |
V4 | DI | F515A | 806rcb | 2 | 8 + 15 | Q5 | 3 |
V4 | DI | F515A | 806rcb | 2 | 10 + 15 | HF | 3 |
V4 | FG | 515 | 806rcb | 1 | 25 | HF | 3 |
V4 | FG | 515 | 806rcb | 5 | 15 | Q5 | 2 |
V4 | FG | 515 | 806rcb | 5 | 25 | Q5 | 2 |
V4 | FG | 515 | 806rcb | 5 | 25 | HF | 1 |
V4 | FG | 515 | 806rcb | 10 | 15 | HF | 1 |
V4 | FG | 515 | 806rcb | 10 | 25 | HF | 2 |
V3-V4 | DI | 341f | 806rcb | 2 | 10 + 15 | HF | 3 |
V3-V4 | DI | 341f | 805RA | 2 | 10 + 15 | HF | 3 |