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Table 2 Overview of gene inventory involved in nitrogen metabolism, transport and regulation of Bacillus licheniformis

From: Nitrous oxide emission by the non-denitrifying, nitrate ammonifier Bacillus licheniformis

function protein gene locus_tag (gene coordinates)
    LMG 6934 LMG 7559 LMG 17339
dissimilatory nitrate reduction to nitrite respiratory nitrate reductase subunit alpha narG1 LI6934_10240 (contig17_44191_40505) LI7559_10220 (contig17_109260_112943) LI17339_03250 (contig01_602796_599110)
   narG2 LI6934_11815 (contig19_3766_7449) LI7559_18375 (contig29_333921_330235) -
  respiratory nitrate reductase subunit beta narH1 LI6934_10235 (contig17_40515_39046) LI7559_10225 (contig17_112933_114483) LI17339_03245 (contig01_599120_597651)
   narH2 LI6934_11820 (contig19_7439_8989) LI7559_18370 (contig29_330245_328776) -
  respiratory nitrate reductase subunit delta narJ1 LI6934_10230 (contig17_39028_38486) LI7559_10230 (contig17_114470_115018) LI17339_03240 (contig01_597632_597090)
   narJ2 LI6934_11825 (contig19_8976_9524) LI7559_18365 (contig29_328758_328216) -
  respiratory nitrate reductase subunit gamma narI1 LI6934_10225 (contig17_38489_37803) LI7559_10235 (contig17_115039_115740) LI17339_03235 (contig01_597093_596407)
   narI2 LI6934_11830 (contig19_9545_10246) LI7559_18360 (contig29_328219_327533) -
assimilatory nitrate/nitrite assimilatory nitrate reductase large subunit nasC LI6934_20135 (contig48_34712_36769) LI7559_01055 (contig02_88956_91013) LI17339_17560 (contig10_88671_90728)
reduction to ammonium assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit nirB LI6934_20140 (contig48_36883_39303) LI7559_01060 (contig02_91127_93547) LI17339_17565 (contig10_90842_93262)
  assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit nirD LI6934_20145 (contig48_39334_39654) LI7559_01065 (contig02_93578_93898) LI17339_17560 (contig10_93293_93613)
transporters ammonium transport amt1 LI6934_11075 (contig18_87147_88526) LI7559_21025 (contig40_60895_59966) LI17339_05915 (contig03_429269_428058)
   amt2 LI6934_06945 (contig13_69958_71169) LI7559_12245 (contig20_86027_87406) LI17339_15165 (contig06_266544_265900)
  nitrate/nitrite transporter (NarK2-type) narK1 LI6934_10275 (contig17_50582_49398) LI7559_10215 (contig17_107711_109207) LI17339_03285 (contig01_609186_608002)
   narK2 LI6934_11810 (contig19_2217_3713) LI7559_18410 (contig29_340309_339125) LI17339_16960 (contig09_16054_161849)
   narK3 LI6934_04585 (contig09_42906_44111) LI7559_1255 (contig21_43506_44711) -
  formate/nitrite transporter nirC LI6934_08170 (contig13_306187_306975) LI7559_03215 (contig06_176423_177211) LI17339_04610 (contig03_178114_177326)
NO reduction to N2O NO reductase large subunit-like protein qnorB LI6934_10290 (contig17_51910_54264) LI7559_18425 (contig29_341636_343990) LI17339_03300 (contig01_610516_612870)
  NO reductase activation protein norD1 LI6934_02700 (contig04_119995_118082) LI7559_00105 (contig01_24308_22395) LI17339_13375 (contig04_735870_736760)
   norD2 LI6934_02705 (contig04_120896_120006) LI7559_00110 (contig01_25209_24319) LI17339_13380 (contig04_736770_738683)
detoxification flavohemoglobin hmp1 pLI6934_11805 (contig19_1907_689) LI7559_10210 (contig17_107401_106181) LI17339_14225 (contig06_89281_88067)
   hmp2 LI6934_03825 (contig07_12629_11415) LI7559_14100 (contig23_84124_85338) -
  NO synthase nos LI6934_16440 (contig34_14900_15997) LI7559_14725 (contig27_17226_16129) LI17339_20905 (contig20_78781_79878)
regulation PII-type signal transduction protein glnK1 LI6934_11070 (contig18_86749_87090) LI7559_12240 (contig20_85629_85970) LI17339_05910 (contig03_428039_427689)
   glnK2 LI6934_06950 (contig13_71188_71538) LI7559_21020 (contig40_59850_59500) LI17339_15170 (contig06_267014_266677)
  global nitrogen regulator tnrA LI6934_15560 (contig31_18775_18443) LI7559_22170 (contig47_44732_45064) LI17339_00475 (contig01_88311_87979)
  NO-dependent regulator DnrN or NorA dnrN LI6934_10295 (contig17_55022_54309) LI7559_18430 (contig29_344748_344035) LI17339_03305 (contig01_613628_612915)
  Nitrite-sensitive transcriptional repressor of NO stress response nsrR LI6934_03830 (contig07_12887_13318) LI7559_14095 (contig23_83866_83432) LI17339_14220 (contig06_87809_87378)
  Nitrate/nitrite sensor protein narX1 LI6934_03855 (contig07_16463_15315) LI7559_14090 (contig23_83082_83402) LI17339_14195 (contig06_84234_85382)
  Nitrate/nitrite response regulator protein narL1 LI6934_03850 (contig07_15327_14677) LI7559_02755 (contig06_92319_91687) LI17339_14200 (contig06_85379_86023)
   narL2 LI6934_07715 (contig_13_222155_221523) LI7559_14070 (contig23_80295_81443) -
  transcriptional regulator Crp/Fnr fnr1 LI6934_10270 (contig17_49251_48538) LI7559_18405 (contig29_338978_338265) LI17339_03280 (contig01_607856_607143)
   fnr2 LI6934_10285 (contig17_51086_51754) LI7559_18420 (contig29_340813_341487) LI17339_03295 (contig01_609691_610359)