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Table 2 Transcriptome data of selected novel genes regulated under specific conditions given as fold-change compared to standard LBa. Data are taken from [9]

From: Translatomics combined with transcriptomics and proteomics reveals novel functional, recently evolved orphan genes in Escherichia coli O157:H7 (EHEC)

Name b

Minimal medium

LB-Nit

pH9

Radish sprouts

Spinach leaf juice

15 °C

Amoeba

Antibiotics

Cow dung

Agar surface

pH4

X009*

u/c

n.r.

9

u/c

u/c

n.r.

70

u/c

u/c

n.r.

n.r.

X011*

12

u/c

6

8

26

13

151

n.r.

n.r.

19

21

X031

u/c

u/c

u/c

u/c

26

u/c

u/c

u/c

u/c

u/c

−18

X037

n.r.

n.r.

n.r.

n.r.

n.r.

n.r.

213

n.r.

n.r.

n.r.

n.r.

X048

n.r.

- u/c

u/c

u/c

n.r.

u/c

n.r.

48

n.r.

n.r.

u/c

X052*

n.r.

−6

−5

n.r.

u/c

u/c

12

n.r.

n.r.

n.r.

−5

X060

u/c

7

u/c

5

10

18

u/c

−17

u/c

u/c

u/c

X062

25

14

12

n.r.

u/c

7

23

n.r.

n.r.

n.r.

n.r.

X070

n.r.

n.r.

u/c

n.r.

n.r.

u/c

25

n.r.

n.r.

n.r.

n.r.

X071

122

14

9

5

u/c

u/c

n.r.

n.r.

5

n.r.

n.r.

  1. apositive values, up regulated; negative values, down regulated; n.r., no reads under this condition; u/c, unchanged (threshold ≥5-fold regulation)
  2. bThe asterisk indicates genes not annotated in any other organism (see Table 1)