Skip to main content

Table 1 Summary statistics for transcriptome assemblies from multiple strategies

From: Comparative performance of transcriptome assembly methods for non-model organisms

Assembly Strategy

Dataset used

# of contigs

Median length (bp)

Median %ID vs. dipteran

Median reference coverage vs. dipteran

Median %ID vs. aegypti

Median reference coverage vs. aegypti

De novo assembly

180Ma

96,980

414

90.95 %

98.37 %

91.32 %

98.38 %

360 M

141,390

394

90.57 %

98.21 %

91.02 %

98.14 %

600 M

176,168

385

90.43 %

98.37 %

90.97 %

98.33 %

Reference-based re-assembly

180 M

89,260

399

91.04 %

98.46 %

91.45 %

98.46 %

360 M

130,168

382

90.70 %

98.22 %

91.15 %

98.26 %

600 M

162,168

373

90.57 %

98.39 %

91.10 %

98.45 %

Transcriptome Post-Scaffolding

180 M

11,796

1,783

92.18 %

99.40 %

92.57 %

99.40 %

360 M

12,027

1,854

91.97 %

99.40 %

92.41 %

99.39 %

600 M

12,117

1,888

91.90 %

99.41 %

92.39 %

99.41 %

Genome-guided assembly using Ae. albopictus genome

180 M

43,537

1,091

90.95 %

97.56 %

91.28 %

97.78 %

360 M

57,524

1,038

90.73 %

97.57 %

91.05 %

97.77 %

600 M

68,977

1,000

90.56 %

97.76 %

91.03 %

97.93 %

Genome-guided assembly using Ae. aegypti genome + RAb

180 M

18,999

1,426

100.00 %

100.00 %

100.00 %

100.00 %

Genome-guided assembly using Ae. aegypti genome-RA

180 M

13,230

348

100.00 %

42.47 %

100.00 %

42.89 %

  1. adataset representing approximate number of millions of read pairs used in the corresponding assembly strategy
  2. bRA refers to reference annotation