TE category | Total genome | Down-regulated genes | Up-regulated genes | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
depleted in H3K4me1 | depleted in H3K4me3 | depleted in H3K79me2 | enriched in H3K27me3 | enriched in H3K4me1 | enriched in H3K4me2 | enriched in H3K4me3 | enriched in H3K79me2 | ||
SINE-rich | 2119 (11.11Â %) | 156 (9.46Â %) | 146 (10.28Â %) | 161 (9.12Â %) | 114 (7.53Â %) | 298 (12.77Â %) | 292 (12.45Â %) | 310 (12.00Â %) | 227 (12.48Â %) |
LINE-rich | 972 (5.10Â %) | 88 (5.34Â %) | 82 (5.77Â %) | 94 (5.32Â %) | 80 (5.28Â %) | 96 (4.11Â %) | 107 (4.56Â %) | 111 (4.30Â %) | 78 (4.29Â %) |
DNA-rich | 824 (4.32Â %) | 91 (5.52Â %) | 74 (5.21Â %) | 87 (4.93Â %) | 73 (4.82Â %) | 96 (4.11Â %) | 101 (4.31Â %) | 97 (3.76Â %) | 77 (4.23Â %) |
LTR-rich | 1800 (9.44Â %) | 255 (15.46Â %) | 204 (14.37Â %) | 284 (16.08Â %) | 272 (17.97Â %) | 247 (11.58Â %) | 238 (10.15Â %) | 267 (10.34Â %) | 209 (11.49Â %) |
SINE-intermediate | 1784 (9.35Â %) | 118 (7.16Â %) | 111 (7.82Â %) | 98 (5.55Â %) | 73 (4.82Â %) | 229 (9.81Â %) | 236 (10.06Â %) | 250 (9.68Â %) | 177 (9.73Â %) |
LINE-intermediate | 20 (0.10Â %) | 0 (0.00Â %) | 1 (0.07Â %) | 1 (0.06Â %) | 2 (0.13Â %) | 1 (0.04Â %) | 1 (0.04Â %) | 0 (0.00Â %) | 1 (0.05Â %) |
DNA-intermediate | 15 (0.08Â %) | 1 (0.06Â %) | 2 (0.14Â %) | 1 (0.06Â %) | 2 (0.13Â %) | 3 (0.13Â %) | 4 (0.17Â %) | 2 (0.08Â %) | 3 (0.16Â %) |
LTR-intermediate | 63 (0.33Â %) | 7 (0.42Â %) | 5 (0.35Â %) | 6 (0.34Â %) | 1 (0.07Â %) | 4 (0.17Â %) | 5 (0.21Â %) | 3 (0.12Â %) | 3 (0.16Â %) |
TE-free | 4300 (22.55Â %) | 240 (14.55Â %) | 221 (15.56Â %) | 227 (12.85Â %) | 170 (11.23Â %) | 404 (17.31Â %) | 407 (17.36Â %) | 454 (17.58Â %) | 314 (17.26Â %) |
All-TE-intermediate | 191 (1.67Â %) | 14 (0.85Â %) | 6 (0.42Â %) | 20 (1.13Â %) | 16 (2.77Â %) | 41 (1.76Â %) | 40 (1.71Â %) | 44 (1.70Â %) | 37 (2.03Â %) |
All-TE-rich | 318 (1.00Â %) | 27 (1.64Â %) | 35 (2.46Â %) | 42 (2.38Â %) | 42 (1.06Â %) | 25 (1.07Â %) | 30 (1.28Â %) | 32 (1.24Â %) | 18 (0.99Â %) |
Mix | 6665 (34.95Â %) | 652 (39.54Â %) | 533 (37.53Â %) | 745 (42.19Â %) | 669 (44.19Â %) | 890 (38.13Â %) | 884 (37.70Â %) | 1013 (39.22Â %) | 675 (37.11Â %) |
P values Chi2 homogeneity tests | Â | <2.2e-16 | 6.863e-14 | <2.2e-16 | <2.2e-16 | <2.2e-16 | 2.208e-06 | 3.434e-09 | 5.405e-06 |
Total gene number | 19071 | 1649 | 1420 | 1766 | 1514 | 2334 | 2345 | 2583 | 1819 |