Table 3 The loci associated with flowering time and their phenotypic variation explained by the GLM model

Gm01_53278791

Gm01

53278791

0.13

0.13

First flower 16-1

Gm01_53675540

Gm01

53675540

0.17

N

Gm02_10536842

Gm02

10536842

0.14

0.13

0.13

First flower 16–2

Gm02_11998056

Gm02

11998056

0.19

First flower 16–2 Pod maturity 19–1

Gm02_22829006

Gm02

22829006

0.16

0.15

0.16

First flower 13–4;

First flower 13–2

Sat_135

Gm02

40366215

0.34

0.35

First flower 13–2

Gm03_1077329

Gm03

1077329

0.16

N

Gm03_5502496

Gm03

5502496

0.14

0.13

0.15

N

Gm03_36634361

Gm03

36634361

0.16

0.14

Pod maturity 16–4;

Flower number 1–2

Gm03_38526701

Gm03

38526701

0.13

Flower number 1–2

Gm04_4497001

Gm04

4497001

0.16

0.16

0.15

0.17

0.13

0.16

0.13

GmCOL3a

2.78

First flower 22–1

Gm04_38840391

Gm04

38840391

0.16

N

Gm04_42951376

Gm04

42951376

0.14

Flower number 1–3

Gm04_46390533

Gm04

46390533

0.14

N

Gm05_682648

Gm05

682648

0.14

N

Gm05_1705841

Gm05

1705841

0.13

N

Gm05_26685967

Gm05

26685967

0.13

0.13

N

Gm05_38636402

Gm05

38636402

0.13

0.13

0.14

N

Gm05_40349605

Gm05

40349605

0.16

0.19

0.16

N

Gm06_2086304

Gm06

2086304

0.17

N

Gm06_2253042

Gm06

2253042

0.18

0.15

N

Satt422

Gm06

7227638

0.19

Pod maturity 26–1

Gm07_3143196

Gm07

3143196

0.13

First flower 4–2

Gm08_11052135

Gm08

11052135

0.13

Days to maturity 1-g1

Gm08_40882335

Gm08

40882335

0.17

0.14

0.15

N

Gm09_2327785

Gm09

2327785

0.16

0.15

0.15

N

Gm09_24238724

Gm09

24238724

0.13

0.14

0.13

First flower 3–4

Gm09_39822766

Gm09

39822766

0.14

Photoperiod insensitivity 5–2

Gm09_43508261

Gm09

43508261

0.13

0.17

0.19

0.13

N

Gm10_2317882

Gm10

2317882

0.14

0.15

0.14

0.15

Days to flowering 1-g18;

Days to maturity 1-g14

Gm11_1161553

Gm11

1161553

0.17

N

Gm11_3950213

Gm11

3950213

0.15

0.14

0.14

0.14

Pod maturity 24–6

Gm11_4519147

Gm11

4519147

0.15

0.17

N

Gm11_5065170

Gm11

5065170

0.2

0.13

0.14

0.14

Node number 3–3

Gm11_6512939

Gm11

6512939

0.13

N

Gm11_6901726

Gm11

6901726

0.15

Flower number 1–5;

Pod number 1–5

Satt197

Gm11

8879480

0.3

0.29

First flower 11–1;

Pod maturity 17–1

Gm11_10847172

Gm11

10847172

0.18

0.14

0.21

0.21

0.23

0.27

0.28

0.23

Pod maturity 18–2

Gm11_11572077

Gm11

11572077

0.17

0.18

0.15

0.18

0.24

0.16

N

Gm11_16492046

Gm11

16492046

0.19

0.16

0.15

0.15

0.15

First flower 11–2;

First flower 8–4

Gm11_17237725

Gm11

17237725

0.17

0.14

0.19

0.17

0.18

Pod maturity 18–1

Gm11_21023332

Gm11

21023332

0.15

First flower 11–2;

First flower 8–4

Gm11_33034954

Gm11

33034954

0.17

0.19

0.21

0.13

0.25

0.26

0.24

N

Gm11_33555216

Gm11

33555216

0.18

0.15

0.15

0.19

0.17

0.19

0.18

N

Gm11_36174968

Gm11

36174968

0.16

0.14

0.16

0.16

0.15

0.17

0.18

Pod maturity 22–2

Gm12_5786241

Gm12

5786241

0.18

0.16

Reproductive stage length 7–3;

maturity 26–2

Gm12_8435100

Gm12

8435100

0.14

N

Gm12_13354287

Gm12

13354287

0.13

N

Gm12_14231203

Gm12

14231203

0.15

N

Satt586

Gm13

11639980

0.19

0.2

First flower 11–4;

Pod maturity 17–5

Gm13_23509779

Gm13

23509779

0.14

0.15

0.14

Photoperiod insensitivity 5–3

Gm13_39307253

Gm13

39307253

0.15

GmCOL10b

2.25

Days to flowering 1-g10

Gm14_7302299

Gm14

7302299

0.15

0.14

0.17

0.19

0.15

Flower number 1–6

Gm14_44697544

Gm14

44697544

0.15

0.15

N

Gm14_45457682

Gm14

45457682

0.14

0.14

First flower 21–1

Gm14_49107190

Gm14

49107190

0.14

0.15

0.14

0.27

0.21

0.19

First flower 21–1

Gm15_1265753

Gm15

1265753

0.17

0.15

0.14

0.13

First flower 12–3;

Flower number 1–7

Gm15_13098003

Gm15

13098003

0.15

0.15

0.13

0.14

0.17

0.15

First flower 12–3;

Flower number 1–7

Gm15_25411335

Gm15

25411335

0.17

N

Gm15_35867161

Gm15

35867161

0.16

0.15

0.16

N

Satt452

Gm15

38923152

0.17

0.2

0.18

0.18

N

Gm15_45004801

Gm15

45004801

0.15

0.15

N

Gm16_5773005

Gm16

5773005

0.14

N

SSRFT

Gm16

30741600

0.2

0.25

0.27

0.26

0.27

0.23

GmFT2a

inter-gene

GmFT2a

Gm16_30766209

Gm16

30766209

0.26

0.18

0.16

0.18

0.16

0.2

0.24

0.28

GmFT2a;

0.20;

First flower 9–3

GmFT2b

0.14

Gm16_35700223

Gm16

35700223

0.16

0.15

0.17

0.17

0.15

0.19

0.23

0.15

First flower 13–8;

Photoperiod insensitivity 5–4

Gm17_37574384

Gm17

37574384

0.13

N

Gm17_41063513

Gm17

41063513

0.13

N

Gm18_4324818

Gm18

4324818

0.17

0.13

Pod maturity 22–9

Gm18_34401760

Gm18

34401760

0.18

0.17

0.16

Photoperiod insensitivity 2–2

Gm18_36929655

Gm18

36929655

0.18

0.2

0.14

0.14

0.16

First flower 10–2

Satt564

Gm18

47617795

0.21

0.26

0.21

0.24

0.22

Flower number 1–9;

Pod number 1–8

Gm18_57126096

Gm18

57126096

0.13

0.15

0.14

0.14

0.14

N

Gm19_5195925

Gm19

5195925

0.13

GmCOL2b

2.85

N

Gm19_35449676

Gm19

35449676

0.14

N

Gm19_39723056

Gm19

39723056

0.14

0.14

0.14

First flower 15–2

Sat_113

Gm19

42110332

0.29

0.28

0.29

0.29

0.29

First flower 4–3;

Pod maturity 24–10

Satt664

Gm19

46109700

0.26

0.19

GmCOL11b

0.14

Flower form 1–4b

Gm19_46761039

Gm19

46761039

0.16

0.15

First flower 13–9;

Flower form 1–4;

First flower 16–4

Satt229

Gm19

47049074

0.18

First flower 20–2;

First flower 13–9;

Flower form 1–4

Gm19_47514601

Gm19

47514601

0.14

E3

inter-gene

Flower form 1–4;

First flower 16–4;

First flower 5–2;

First flower 5–3

Gm19_49786000

Gm19

49786000

0.15

First flower 5–3;

First flower 8–3;

First flower 16–4;

Flower form 1–4

Satt571

Gm20

1291809

0.18

Pod maturity 24–5

Gm20_3880320

Gm20

3880320

0.22

0.2

0.17

0.16

0.18

0.18

First flower 16–3

Gm20_37857633

Gm20

37857633

0.14

0.15

0.14

First flower 16–3;

Flower form 1–3

Gm20_43146832

Gm20

43146832

0.2

0.22

0.16

0.19

0.16

0.21

0.23

0.19

GmCRY2c

3.3

Flower number 1–11

Gm20_44260228

Gm20

44260228

0.13

0.14

0.14

0.15

Flower number 1–11