Nonrandom distribution and frequencies of genomic and EST-derived microsatellite markers in rice, wheat, and barley

La Rota, Mauricio; Kantety, Ramesh V; Yu, Ju-Kyung; Sorrells, Mark E

doi:10.1186/1471-2164-6-23

Table 2 Frequency table (counts and relative proportions) of the ten most common motifs from perfect and imperfect microsatellites under the same minimum length constraints used in Table 1 found in the non-redundant rice genome (IRGSPnr), rice gene index (Osgi), barley gene index (Hvgi) and wheat's gene index (Tagi).

From: Nonrandom distribution and frequencies of genomic and EST-derived microsatellite markers in rice, wheat, and barley

	IRGSPnr			Osgi			Hvgi			Tagi
SSRLength	motif	prop.	count	motif	prop.	count	motif	prop.	count	motif	prop.	count
> = 12	CCG	0.18	34238	CCG	0.32	8309	CCG	0.19	3415	CCG	0.20	6643
	AG	0.08	14603	AGG	0.10	2501	AGG	0.09	1536	AGG	0.08	2720
	AT	0.06	11594	ACG	0.06	1677	AGC	0.07	1250	AGC	0.07	2506
	AGG	0.05	10534	AGC	0.06	1583	AAG	0.04	730	AAC	0.05	1805
	ACG	0.04	7151	AG	0.04	1074	AG	0.04	714	AG	0.04	1463
	AGC	0.03	6576	ACC	0.04	1031	ACG	0.04	668	AAG	0.04	1305
	AAG	0.03	4889	AAG	0.04	994	ACC	0.03	604	ACC	0.03	1184
	AAAAG	0.02	4809	ATC	0.02	604	ATC	0.03	446	ACG	0.03	1162
	AAAT	0.02	4756	ATCG	0.01	341	AGGGG	0.02	426	ATC	0.02	758
	ACC	0.02	4517	AAAG	0.01	270	AGGG	0.02	391	AC	0.02	749
> = 14	CCG	0.16	17881	CCG	0.33	4622	CCG	0.18	1717	CCG	0.19	3270
	AG	0.09	10293	AGG	0.09	1277	AGG	0.07	716	AGG	0.07	1256
	AT	0.08	9385	AG	0.06	822	AGC	0.06	607	AGC	0.07	1190
	AGG	0.05	5343	ACG	0.06	776	AG	0.06	543	AG	0.07	1140
	AAAAG	0.04	4809	AGC	0.05	774	AGGGG	0.04	426	AAC	0.05	907
	AAAAT	0.03	3221	AAG	0.03	482	AAG	0.04	359	AAG	0.03	559
	ACG	0.03	3178	ACC	0.03	478	ACG	0.03	287	AC	0.03	530
	AGC	0.03	2995	ATC	0.02	273	ACC	0.02	236	ACG	0.03	479
	AGAGG	0.02	2627	CCGCG	0.02	249	AC	0.02	231	ACC	0.03	478
	AAG	0.02	2448	AGAGG	0.02	248	CCCCG	0.02	224	ATC	0.02	322
> = 16	AT	0.15	8334	CCG	0.32	2238	CCG	0.17	784	CCG	0.17	1452
	AG	0.14	7931	AG	0.10	674	AG	0.09	424	AG	0.11	951
	CCG	0.14	7820	AGG	0.09	643	AGC	0.07	317	AGC	0.07	560
	AGG	0.04	2438	AGC	0.05	354	AGG	0.07	316	AGG	0.06	542
	AC	0.03	1714	ACG	0.05	339	AAG	0.04	186	AC	0.05	413
	AAAG	0.03	1457	AAG	0.04	249	AC	0.04	175	AAC	0.04	344
	AGC	0.03	1421	ACC	0.03	218	AGGG	0.03	154	AAG	0.03	291
	AAT	0.02	1403	AT	0.02	127	AGGGG	0.03	150	ACG	0.03	221
	AAAT	0.02	1390	ATC	0.02	114	ACC	0.02	115	AGGG	0.02	203
	ACG	0.02	1345	ATCG	0.02	112	ACG	0.02	110	ACC	0.02	202
> = 18	CCG	0.19	7820	CCG	0.39	2238	CCG	0.23	784	CCG	0.23	1452
	AT	0.17	7103	AGG	0.11	643	AG	0.09	318	AG	0.12	753
	AG	0.14	5580	AG	0.09	503	AGC	0.09	317	AGC	0.09	560
	AGG	0.06	2438	AGC	0.06	354	AGG	0.09	316	AGG	0.09	542
	AGC	0.03	1421	ACG	0.06	339	AAG	0.05	186	AAC	0.05	344
	AAT	0.03	1403	AAG	0.04	249	AGGGG	0.04	150	AAG	0.05	291
	ACG	0.03	1345	ACC	0.04	218	AC	0.04	124	AC	0.04	267
	AAG	0.03	1228	ATC	0.02	114	ACC	0.03	115	ACG	0.04	221
	AC	0.03	1133	AT	0.02	100	ACG	0.03	110	ACC	0.03	202
	AAAAG	0.03	1131	AGAGG	0.01	66	ATC	0.02	83	ATC	0.02	145
> = 20	AT	0.22	6360	CCG	0.32	1032	CCG	0.16	383	CCG	0.15	625
	AG	0.14	4055	AG	0.12	385	AG	0.11	251	AG	0.15	618
	CCG	0.12	3431	AGG	0.10	317	AGC	0.07	170	AGG	0.06	262
	AGG	0.04	1190	AGC	0.05	156	AGGGG	0.06	150	AGC	0.06	250
	AAAAG	0.04	1131	ACG	0.04	143	AGG	0.06	139	AAC	0.06	249
	AAT	0.04	1121	AAG	0.04	134	AAG	0.04	101	AC	0.05	195
	AC	0.03	806	ACC	0.03	97	AC	0.04	85	AAG	0.04	176
	AGAT	0.02	693	AT	0.03	84	ACC	0.03	64	ACC	0.02	92
	AAG	0.02	685	AGAGG	0.02	66	CCCCG	0.03	59	ACGAT	0.02	91
	AGC	0.02	573	ATC	0.02	57	AGAGG	0.02	52	ACG	0.02	77
> = 24	AT	0.34	5501	CCG	0.29	436	CCG	0.19	180	AG	0.23	484
	AG	0.16	2504	AG	0.19	278	AG	0.18	171	CCG	0.13	275
	CCG	0.10	1574	AGG	0.10	152	AGC	0.10	93	AAC	0.10	203
	AAT	0.05	866	AAG	0.06	83	AGGGG	0.06	56	AGG	0.06	131
	AGG	0.04	615	AGC	0.05	69	AAG	0.05	48	AC	0.06	127
	AC	0.03	487	ACG	0.04	65	AGG	0.05	47	AAG	0.06	122
	AGAT	0.03	486	AT	0.04	65	AC	0.04	41	AGC	0.06	118
	AAG	0.03	447	ACC	0.03	48	ACC	0.04	37	ACGAT	0.04	86
	AAAAG	0.02	345	ATC	0.02	26	AT	0.03	25	AT	0.03	56
	ACAT	0.02	302	AC	0.01	21	ATC	0.02	21	ATC	0.02	39
> = 30	AT	0.54	4680	AG	0.35	184	AG	0.39	133	AG	0.42	368
	AG	0.15	1343	CCG	0.17	90	AGGGG	0.09	29	AAC	0.15	132
	AAT	0.05	420	AT	0.09	46	CCG	0.07	24	AC	0.08	68
	CCG	0.04	310	AGG	0.08	40	AAG	0.07	23	AAG	0.07	59
	AGAT	0.03	295	AAG	0.06	32	AGC	0.07	23	AT	0.05	42
	AC	0.03	280	AGC	0.05	24	AC	0.05	16	CCG	0.05	42
	AAG	0.03	236	ACG	0.03	16	AT	0.04	13	AGC	0.04	37
	ACAT	0.02	198	ACC	0.02	13	AAC	0.03	10	AGG	0.03	27
	AGG	0.02	176	AAC	0.02	10	ACC	0.03	9	AAT	0.01	13
	AAAAG	0.01	119	AGAGG	0.02	9	CCCCG	0.02	8	ATC	0.01	12
> = 40	AT	0.69	3631	AG	0.51	104	AG	0.60	86	AG	0.57	260
	AG	0.09	494	AT	0.14	29	AGC	0.07	10	AAC	0.14	62
	AAT	0.07	353	AAG	0.08	17	AAG	0.06	9	AC	0.07	31
	AGAT	0.04	192	AGC	0.04	8	AT	0.06	8	AAG	0.07	31
	AC	0.03	157	CCG	0.03	7	AGGGG	0.05	7	AT	0.06	26
	ACAT	0.03	153	ACG	0.03	6	AAC	0.03	4	AGC	0.03	14
	AAG	0.02	109	AGG	0.03	6	ACC	0.01	2	ACAT	0.01	5
	CCG	0.01	27	AAC	0.02	5	ACAT	0.01	2	AGG	0.01	3
	AAC	0.00	24	ATC	0.02	4	ATC	0.01	2	CCG	0.01	3
	AGG	0.00	19	ACAT	0.02	4	ACT	0.01	2	AAT	0.01	3

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com

BMC Genomics

Contact us