Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

Kouadjo, Kouame E; Nishida, Yuichiro; Cadrin-Girard, Jean F; Yoshioka, Mayumi; St-Amand, Jonny

doi:10.1186/1471-2164-8-127

BMC Genomics

Table 2 Specific genes expressed in the male sexual organs

From: Housekeeping and tissue-specific genes in mouse tissues

																Tissues from GEO and accession number
Tag	Testis	Prostate	Ovary	Mammary gland	Uterus	Vagina	Skin	Liver	Adipose tissue	Lung	Bone	Skeletal muscle	Cerebral cortex	Hypothalamus	Pituitary gland	Mouse embryonic fibroblasts GSM7759	Heart normal GSM106587	Thymus normal GSM106587	Bladder normal GSM106599	Kidney normal GSM56242	Spleen normal GSM106591	Pancreas normal GSM 106592	Intestine UniGene and EST expression (%)	Description [UniGene cluster, GenBank Accession No]	General function
Testis
TCGATGTCTGA	1221	0^a	4^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	protamine 2 [Mm.325769, NM_008933]	Cell signaling
AGGACATCAGA	601	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	transition protein 1 [Mm.661, NM_009407]	Cell signaling
AAACAGAGTCT	391	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	t-complex-associated testis expressed 3 [Mm.272173, NM_011560]	Cell signaling
GTGCCAGGAGA	241	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
GGTCTGGCTGG	234	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	tubulin, alpha 3 [Mm.287784, NM_009446]	Cell signaling
GCTCCACTGGT	227	0^a	0^a	0^a	0^a	8	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	diazepam binding inhibitor-like 5 [Mm.347413, BC048474]	Cell signaling
ACCGCTGAGGA	222	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	lactate dehydrogenase 3, C chain, sperm specific [Mm.16563, NM_013580]	Energy metabolism
TGCAACTGGCC	201	0^a	0^a	0^a	1^a	2^a	1^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0	outer dense fiber of sperm tails 2 [Mm.330116, NM_013615]	Cell defence
TTCCATCTCTG	190	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	ornithine decarboxylase antizym e 3 [Mm.331200, NM_016901]	Amoni acid metabolism
TTTAGCCGAGA	180	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, sperm atogenic [Mm.1729, NM_008085]	Energy metabolism
TACACGAGGAT	178	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	transition protein 2 [Mm.206798, NM_013694]	Cell signaling
GCCAGATACCG	139	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	protamine 1 [Mm.42733, NM_013637]	Cell signaling
GATTAAAGCTT	134	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	transition protein 2 [Mm.206798, NM_013694]	Cell signaling
GCGTGCTCAGA	132	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	RIKEN cDNA 4921511K06 gene [Mm.251303, AK160245]	Cytokinesis, cell shape, secretion and capping
TAGCCCCTGCA	125	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	outer dense fiber of sperm tails 1 [Mm.252830, NM_008757]	Cell defence
CCCTTTTTCAA	123	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	sperm mitochondria-associated cysteine-rich protein [Mm.331192, NM_008574]	Sperm motility
CAGGAACACGG	111	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
GTCGACCGATG	100	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	meiosis expressed gene 1 [Mm.2688, CN833209]	Potein binding
CAGCTCAAGTG	99	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	ATPase, C lass I, type 8B, member 3 [Mm.52511, NM_026094]	Energy metabolism, transport
CCAATTGCTAC	95	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	histone H1-like protein in spermatids 1 [Mm.30482, NM_018792]	Cell division
TCGGTGCCTCT	88	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	DnaJ (H sp40) homolog, subfamily B, member 3 [Mm.3075, NM_008299]	Cell defence
GTGCTGGCTTG	88	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
ACACCCACGCG	83	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	sperm atogenic Zip 1 [Mm.23520, NM_030237]	Transcription factor activity
AAAAAGACCAA	81	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	centrin 1 [Mm.195831, NM_007593]	Cell structure
AAGGCCTGCCA	78	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	chaperonin containing TC P1, subunit 4 [Mm.332809, BU962071]	Cell protein synthesis
AACAATGTTGT	72	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	fatty acid binding protein 9, testis [Mm.26654, NM_011598]	Lipid metabolism
TTCAGCAACGG	72	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	t-complex protein 10b [Mm.326683, NM_011553]	Cell signaling
TCTCGCAATGG	63	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	tubby-like protein 2 [Mm.280778, NM_008807]	Phosphoric diester hydrolase Activity
CTGGATGGTTT	60	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	actin-like 7b [Mm.251434, NM_025271]	Cell structure
ACCTGCAGCCT	58	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	heat shock protein, alpha-crystallin-related, B9 [Mm.46175, XM_126494]	Cell defence
AACAAAAATCC	58	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	3	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	testis specific gene A2 [Mm.12743, NM_025290]	Cell signaling
CGCGGAATGCT	56	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	PH D finger protein 7 [Mm.5348, BY099053]	Protein synthesis
TCTTGCGGCGG	55	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	DnaJ (H sp40) homolog, subfamily B, member 3 [Mm.3075, AK005688]	Cell defence
GAGCAGGTCCA	48	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	kinesin family member 2B [Mm.67677, XM_126653]	Cell structure
TCTTCTGCCTC	46	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	serine/threonine kinase 22B (sperm iogenesis associated) [Mm.310201, NM_009436]	Metabolism: protein modification
GTGTGCGGACC	44	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	sperm associated antigen 4 [Mm.81035, AK028080]	Cell defence
AATCCATCCAG	44	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	thioredoxin domain containing 2 (sperm atozoa) [Mm.255732, NM_153519]	Cell defence
GCTCCTTTAAA	42	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	cytochrome coxidase, subunit VIIIc [Mm.660, XM_354691]	Energy metabolism
ACCTAGGCAGA	42	0	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	testis specific gene A8 [Mm.143832, AB032764]	Rhabdomere development and photoreceptor cell survival
CTAATCAGGAG	41	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	thioredoxin reductase 1 [Mm.210155, NM_025499]	Cell defence
CAAGAGCCTCA	41	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	selenoprotein W [Mm.212777, NM_175033]	Cell defence
TGCCCCAACAT	41	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	oxysterol binding protein 2 [Mm.348003, BC058602]	Transport
CACGAAGTTCC	39	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	neighbor of Brca1 gene 1 [Mm.784, AF227188]	Zing and ion binding
ATAGGATGCTG	37	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	tudor domain containing 6 [Mm.329058, NM_198418]	Oogenesis
GCTTGAAGCCT	35	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	serine/threonine kinase 22A (sperm iogenesis associated) [Mm.347554, XM_147244]	Metabolism: protein modification
GTGCCTACCTA	33	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	1^a	0^a	0^a	1^a	1^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	Park2 co-regulated [Mm.18889, XM_128418]	Sperm differentiation
TGGGTGAAGGG	33	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	tripartite motif protein 17 [Mm.179733, NM_031172]	Ubiquitin-protein ligase activity
GAAATCTTATG	33	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	four and a half LIM domains 5 [Mm.87325, NM_021318]	Transcription
GACAAGCAGAC	32	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	translin-associated factor X (Tsnax) interacting protein 1 [Mm.28323, NM_024445]	Protein binding
AGGGTGGACAA	30	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	DnaJ (H sp40) homolog, subfamily B, member 8 [Mm.272871, NM_019964]	Cell defence
GGCTCAATTTC	30	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	StAR -related lipid transfer (STAR T) domain containing 6 [Mm.83623, BC061022]	Cell signaling
TGTTCTTCACT	30	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	sperm associated antigen 9 [Mm.260737, AK034670]	Cell defence
CCCTGGGAGAC	30	0^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	1	0^a	1^a	1^a	2^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	sterile alpha motif domain containing 4 [Mm.269139, XM_127686]	Post-transcriptional regulators
GTCGCTGTCTT	28	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	fibronectin type 3 and ankyrin repeat domains 1 [Mm.87448, AK017071]	Transcription factor activity and DNA binding
CCTTCTGTCGG	28	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	t-complex protein 10b [Mm.326683, NM_009340]	Cell signaling
GCTACGCTCAC	28	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	dipeptidase 3 [Mm.173395, NM_027960]	Protein synthesis
CAGACCAACGC	28	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	testis specific 10 interacting protein [Mm.329659, AK019010]	Cell signaling
ATGCCTTTCCA	26	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	ankyrin repeat domain 5 [Mm.198389, NM_175667]	Cell structure
AACAATATTTA	26	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	ubiquitin-conjugating enzyme E2N [Mm.328239, AK005788]	Protein synthesis
GCTGCATAACA	26	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	3	1^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	aquaporin 11 [Mm.29756, NM_175105]	Transport
Prostate																				0^a
ACCCAGACACG	0^a	193	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	seminal vesicle protein, secretion 2 [Mm.99395, BB872622]	Protein secretion
TGACAAAACGT	0^a	99	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	beta-microseminoprotein [Mm.2540, NM_020597]	Cell signaling
AAGACGGGTAG	0^a	91	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	C U B and zona pellucida-like domains 1 [Mm.304207, BE852974]	Cell signaling
GCAACTAGCCT	0^a	66	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	serine peptidase inhibitor, Kazal type 3 [Mm.272, DV071569]	Peptidase activity
GTGAGAAACAC	0^a	52	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a		NM	Novel transcript
TATTTTGCAAT	0^a	49	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	seminal vesicle antigen [Mm.4119, NM_009299]	Protein secretion
CCTGGTGAAAG	0^a	45	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	1^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0^a	0	mucin 10, submandibular gland salivary mucin [Mm.200411, NM_008644]	Spermatogenesis

^a Significant difference vs. no. of tags show n in bold (p < 0,05)

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com