GEP-EpiSeeker: a gene expression programming-based method for epistatic interaction detection in genome-wide association studies

Peng, Yu Zhong; Lin, Yanmei; Huang, Yiran; Li, Ying; Luo, Guangsheng; Liao, Jianping

doi:10.1186/s12864-021-08207-8

Table 5 Penetrance tables of the twenty-two epistasis models with a different set of parameters

From: GEP-EpiSeeker: a gene expression programming-based method for epistatic interaction detection in genome-wide association studies

Model id	h²	MAF	Penetrance function
			Genotypes (SNP A)	Genotypes (SNP B)
			Genotypes (SNP A)	BB	Bb	bb
model 1	0.005	0.05	AA	0.0980	0.0980	0.0980
			Aa	0.0980	0.2989	0.5222
			aa	0.0980	0.5222	0.9121
model 2	0.005	0.1	AA	0.0960	0.0960	0.0960
			Aa	0.0960	0.1971	0.2824
			aa	0.0960	0.2824	0.4047
model 3	0.005	0.2	AA	0.0921	0.0921	0.0921
			Aa	0.0921	0.1445	0.1810
			aa	0.0921	0.1810	0.2266
model 4	0.005	0.5	AA	0.0782	0.0782	0.0782
			Aa	0.0782	0.1054	0.1223
			aa	0.0782	0.1223	0.1420
model 5	0.02	0.05	AA	0.0958	0.0958	0.0958
			Aa	0.0958	0.5331	0.5331
			aa	0.0958	0.5331	0.5331
model 6	0.02	0.1	AA	0.0918	0.0918	0.0918
			Aa	0.0918	0.3192	0.3192
			aa	0.0918	0.3192	0.3192
model 7	0.02	0.2	AA	0.0836	0.0836	0.0836
			Aa	0.0836	0.2099	0.2099
			aa	0.0836	0.2099	0.2099
model 8	0.02	0.5	AA	0.0519	0.0519	0.0519
			Aa	0.0519	0.1374	0.1374
			aa	0.0519	0.1374	0.1374
model 9	0.02	0.05	AA	0.0804	0.1918	0.1918
			Aa	0.1918	0.0804	0.0804
			aa	0.1918	0.0804	0.0804
model 10	0.02	0.1	AA	0.0717	0.1636	0.1636
			Aa	0.1636	0.0717	0.0717
			aa	0.1636	0.0717	0.0717
model 11	0.02	0.2	AA	0.0608	0.1459	0.1459
			Aa	0.1459	0.0608	0.0608
			aa	0.1459	0.0608	0.0608
model 12	0.02	0.5	AA	0.0671	0.1548	0.1548
			Aa	0.1548	0.0671	0.0671
			aa	0.1548	0.0671	0.0671
model 13	0.01	0.2	AA	0.6377	0.4884	0.3826
			Aa	0.4638	0.7645	0.9566
			aa	0.5798	0.5624	0.7189
model 14	0.01	0.2	AA	0.2216	0.2758	0.1414
			Aa	0.2587	0.1690	0.4013
			aa	0.2781	0.1279	0.4196
model 15	0.01	0.2	AA	0.2216	0.2758	0.1414
			Aa	0.2587	0.1690	0.4013
			aa	0.2781	0.1279	0.4196
model 16	0.01	0.2	AA	0.1391	0.1882	0.2214
			Aa	0.1901	0.1114	0.0198
			aa	0.2056	0.0514	0.2530
model 17	0.01	0.2	AA	0.1391	0.1882	0.2214
			Aa	0.1901	0.1114	0.0198
			aa	0.2056	0.0514	0.2530
model 18	0.01	0.4	AA	0.1032	0.0634	0.1242
			Aa	0.0978	0.0858	0.0693
			aa	0.0210	0.1467	0.0595
model 19	0.01	0.4	AA	0.1852	0.2908	0.2340
			Aa	0.2860	0.2009	0.2770
			aa	0.2486	0.2661	0.1657
model 20	0.01	0.4	AA	0.0731	0.0418	0.0146
			Aa	0.0240	0.0639	0.0591
			aa	0.0682	0.0188	0.0946
model 21	0.01	0.4	AA	0.0462	0.1275	0.0694
			Aa	0.1150	0.0667	0.0971
			aa	0.1067	0.0691	0.1085
model 22	0.01	0.4	AA	0.0950	0.1222	0.1267
			Aa	0.0973	0.1294	0.0999
			aa	0.2014	0.0439	0.1222

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com

BMC Genomics

Contact us